Это команда pair_align, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
pair_align - Попарное выравнивание
СИНТАКСИС
pair_align [ОПЦИИ] -s IN.fa
ОПИСАНИЕ
Программа позволяет выровнять две последовательности, используя выравнивание динамического программирования.
алгоритмы при настройке различных параметров.
-h, --Помогите
Отображает это справочное сообщение.
--версия
Отображение информации о версии
Основные параметры:
-s, --seq IN.fa
Файл FASTA с двумя последовательностями. Допустимые типы файлов: fasta и fa.
-a, --алфавит АЗБУКА
Алфавит последовательности. Один из белков, ДНК, РНК и текста. По умолчанию: белок.
-m, --метод МЕТОД
Метод выравнивания DP: Needleman-Wunsch, Gotoh, Smith-Waterman, Longest Common
Подпоследовательность один из nw, gotoh, sw и lcs. По умолчанию: gotoh.
-o, --outfile ВНЕ
Имя выходного файла. Допустимые типы файлов: fa, fasta и msf. По умолчанию: out.fasta.
Параметры подсчета очков:
-g, --гоп INT
Разрыв открытого пенальти. Дефолт: -11.
-e, --gex INT
Штраф за продление зазора. Дефолт: -1.
-ма, матрица МАТРИКС_ФАЙЛ
Матрица оценок.
-Миз, --msc INT
Счет матча. По умолчанию: 5.
-mm, --mmsc INT
Штраф за несоответствие. Дефолт: -4.
Варианты выравнивания полос:
-ло, --низкий INT
Нижняя диагональ.
-Здравствуй, --высокий INT
Верхняя диагональ.
Параметры конфигурации матрицы DP:
-c, --config CONF
Конфигурация выравнивания. Один из ffff, ffft, fftf, fftt, ftff, ftft, fttf, fttt,
tfff, tfft, tftf, tftt, ttff, ttft, tttf и tttt.
КОНФИГУРАЦИЯ ВЫРАВНИВАНИЯ
Конфигурация выравнивания представляет собой строку из четырех символов, каждый из которых представляет собой либо t, либо
f. Разрешены все комбинации. Смысл в следующем.
tfff Первая строка инициализируется нулями.
ftff Первый столбец инициализируется нулями.
fftf Искать максимальное значение в последнем столбце.
ffft Искать максимум в последней строке.
Версия
pair_align версия: 1.1 Последнее обновление ноябрь 2012 г.
Используйте pair_align онлайн с помощью сервисов onworks.net