Это приложение для Linux под названием MethyMer, последнюю версию которого можно загрузить как MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием MethyMer с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
МетиМер
ОПИСАНИЕ
MethyMer — это инструмент на основе Python, предназначенный для выбора конкретных праймеров для амплификации полных CpG-островков. Эти участки сложны для подбора подходящих праймеров из-за их низкой сложности, полиN-, CG-богатства и т. д.
MethyMer имеет гибкую систему оценки, позволяющую выбирать праймеры в проблемных областях (например, островки SpG), и включает тест на специфичность (основанный на выравнивании бабочки по отношению к геному, обработанному бисульфитом).
Он также включает данные о метилировании TCGA CpG (микрочипы) и экспрессии генов (RNA-Seq), а также результаты корреляционного анализа метилирования-экспрессии для 20 типов рака человека.
Данные аннотации регионов генома ENCODE также интегрированы в MethyMer.
Особенности
- подбор комбинаций пар праймеров, способных амплифицировать полный CpG-островок или другие области генома-мишени;
- гибкая и настраиваемая система подсчета очков
- тест на специфичность
- интегрированные данные метилирования CpG (микрочипы Illumina Infinium Human Methylation 450K) для 20 типов опухолей, полученные из TCGA
- интегрированная TCGA RNA-Seq – данные исследования ассоциаций метилирования CpG
- визуализация: график содержания CG, график оценки, график специфичности праймеров, аннотация генома ENCODE, данные TCGA
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал
Язык программирования
Питон
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/methymer/. Он был размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
