Это приложение для Linux под названием QUAST, последний выпуск которого можно загрузить как quast-5.0.2.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием QUAST с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ:
КВАСТ
ОПИСАНИЕ:
QUAST выполняет быструю и удобную оценку качества и сравнение сборок генома.
QUAST вычисляет ряд хорошо известных показателей, включая точность контигов, количество обнаруженных генов, N50 и другие, а также вводит новые, такие как NA50 (подробности см. В документе и в руководстве). Результатом комплексного анализа являются сводные таблицы (в виде простого текста, с разделением табуляцией и в формате LaTeX) и красочные графики. Инструмент также создает веб-отчеты, объединяющие всю информацию в один удобный для навигации файл.
QUAST имеет интуитивно понятный интерфейс командной строки и подробное руководство, которое помогает пользователям запускать его и понимать его выходные данные. Кроме того, Лаборатория запустила бета-версию web-QUAST на http://quast.bioinf.spbau.ru/ что делает оценку качества еще более простой.
Статьи QUAST и MetaQUAST (расширение для метагеномных сборок) были опубликованы в журнале «Биоинформатика».
Особенности
- веб-отчеты, таблицы в формате обычного txt, с разделением табуляцией и LaTeX
- красочные графики и гистограммы
- оценка качества с референсным геномом и без него
- оценка качества метагеномных сборок
- интерактивный браузер Contig
Аудитория
Наука / Исследования, Разработчики, Конечные пользователи / Рабочий стол
Интерфейс пользователя
Веб-интерфейс, командная строка
Язык программирования
Питон, JavaScript
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/quast/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.