Это приложение для Linux под названием BamBam, последнюю версию которого можно загрузить как bambam-1.4.tgz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием BamBam с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
Бам бам
ОПИСАНИЕ:
BamBam включает множество инструментов для анализа данных секвенирования ДНК следующего поколения. Предусмотрены инструменты для вызова SNP и индексов, выявления крупномасштабных удалений, табулирования подсчетов отображенных чтений, анализа метилирования и т. Д.
Зависит от SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) и BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). Также использует BioPerl, который включен в архив для загрузки.
Особенности
- звонить в SNP и инделы
- вменять генотипы
- строить согласованные последовательности
- табулировать количество отображенных считываний (RNA-seq)
- вывести фазирование гаплотипа с помощью кластеризации K-средних
- анализировать метилирование ДНК (бисульфит-секвенирование)
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Perl, C ++
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/bambam/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.