Это приложение для Linux под названием GapFiller, последнюю версию которого можно загрузить как GapFiller-1.1.1.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием GapFiller с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
Заполнитель пробелов
ОПИСАНИЕ:
GapFiller - это локальный ассемблер, который заполняет пробелы в парных чтениях.
Его можно использовать как для ДНК, так и для РНК, и он был протестирован на данных Illumina.
GapFiller может использоваться всякий раз, когда последовательность должна быть собрана, начиная с чтения, лежащего на ее концах, при условии приблизительной оценки длины последовательности.
Особенности
- Поддерживаемый формат ввода: FASTQ (.gz, .bz2), FASTA (.gz, .bz2), SAM, BAM
- Настраиваемые параметры сборки
- Возможность указывать разные наборы данных для посева и сборки
- Возможность сохранения информации о макете (считывание положения и ориентации в собранных контигах)
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
C + +
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/gapfiller/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.