Это приложение для Linux под названием rRNAFinder, последнюю версию которого можно загрузить как rRNAFinder-v1.1.1.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием rRNAFinder с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
рРНК Finder
ОПИСАНИЕ:
rRNAFinder - это небольшой программный пакет на Perl, который можно использовать для автоматического прогнозирования и классификации генов рибосомной РНК, используя в качестве входных данных собранные контиги генома / метагенома. Программное обеспечение тестировалось только в операционной системе Linux.
Программа "rRNAFinder.pl", включенная в пакет, использует программу nhmmer для поиска в базах данных arc.hmm, bac.hmm и euk.hmm для идентификации генов рРНК из входных контигов. Предполагаемые гены рРНК включают гены рРНК 16S, 18S, 23S, 28S, 5S и 5.8S.
Программа "rna2taxon.pl" принимает сгенерированные выше последовательности гена рРНК формата fasta в качестве входных данных для получения таксономических назначений для входных генов. Последовательности входящего гена рРНК ищутся в загруженных и переформатированных базах данных SILVA SSU и LSU с помощью blastn.
Пожалуйста, обратитесь к файлу README.md из репозитория rRNAFinder GitHub, расположенному по адресу https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder для инструкций по настройке и запуску rRNAFinder
Особенности
- Прогнозирование генов рРНК (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s гены рРНК)
- Таксономическое определение предсказанных генов рРНК с использованием поиска методом blastn по базам данных SILVA SSU и LSU
- Быстро и может использовать несколько потоков ЦП
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.