นี่คือคำสั่ง abacas ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
abacas - Algorithm Based Contiguation อัตโนมัติของ Assembled Sequences
เรื่องย่อ
ลูกคิด -r อ้าง -q qs -p โปรแกรม [ตัวเลือก]
OR
ลูกคิด -r อ้าง -q PSF -e
อ้าง ลำดับการอ้างอิงในไฟล์ fasta ไฟล์เดียว
qs contigs ในรูปแบบ multi-fasta
Rog โปรแกรม MUMmer ที่จะใช้: 'nucmer' หรือ 'promer'
PSF pseudomolecule/ไฟล์ลำดับที่สั่งในรูปแบบ fasta
OPTIONS
-h การใช้งานการพิมพ์
-d ใช้พารามิเตอร์ nucmer/promer เริ่มต้น
-s int ความยาวขั้นต่ำของคำที่ตรงกันทุกประการ (ค่าเริ่มต้น nucmer = 12, promer default
= 4)
-m สั่งพิมพ์ contigs ให้ไฟล์ในรูปแบบ multifasta
-b พิมพ์ contigs ใน bin ไปยัง file
-N พิมพ์ pseudomolecule โดยไม่มี "N" s
-i การระบุตัวตนแบบเปอร์เซ็นต์ขั้นต่ำภายใน [ค่าเริ่มต้น 40]
-v int mimimum contig coverage [ค่าเริ่มต้น 40]
-V ความแตกต่างของการครอบคลุมขั้นต่ำของ int [ค่าเริ่มต้น 1]
-l ความยาว contig ขั้นต่ำ int [ค่าเริ่มต้น 1]
-t เรียกใช้ tblastx บน contigs ที่ไม่ได้แมป
-g สตริง (ชื่อไฟล์) พิมพ์ส่วนที่ไม่ครอบคลุม (ช่องว่าง) อ้างอิงถึงชื่อไฟล์
-a ผนวก contigs ใน bin ต่อท้าย pseudomolecule
-o ไฟล์เอาต์พุตคำนำหน้าจะมีคำนำหน้านี้
-P เลือกไพรเมอร์เซ็ตเพื่อปิดช่องว่าง
-f จำนวน int ของฐานขนาบข้างใดด้านหนึ่งของช่องว่างสำหรับการออกแบบไพรเมอร์ (ค่าเริ่มต้น
350)
-R int Run mummer [ค่าเริ่มต้น 1 ใช้ -R 0 เพื่อหลีกเลี่ยงการทำงาน mummer]
-e หลีกหนีจากการสั่งซื้อเช่นไปที่การออกแบบไพรเมอร์
-c ลำดับอ้างอิงเป็นวงกลม
DESCRIPTION
ABACAS ตั้งใจที่จะเชื่อมต่อกันอย่างรวดเร็ว (จัดตำแหน่ง จัดวาง ปรับทิศทาง) สร้างภาพ และออกแบบ
ไพรเมอร์เพื่อปิดช่องว่างของปืนลูกซองที่ประกอบส่วนต่อประสานตามลำดับการอ้างอิง
ABACAS ใช้ MUMmer เพื่อค้นหาตำแหน่งการจัดตำแหน่งและระบุ syntenies ของ contigs ที่ประกอบเข้าด้วยกัน
กับการอ้างอิง ผลลัพธ์จะถูกประมวลผลเพื่อสร้างการถ่ายโมเลกุลเทียม
contigs ที่ทับซ้อนกันและช่องว่างในบัญชี ABACAS สร้างไฟล์เปรียบเทียบที่สามารถ
ใช้เพื่อแสดงภาพ contig ที่สั่งและมุ่งเน้นใน ACT Synteny แสดงด้วยสีแดง
แถบที่ความเข้มของสีลดลงโดยมีค่าความเป็นเปอร์เซ็นต์ที่ต่ำกว่าระหว่าง
บล็อกที่เปรียบเทียบได้ ข้อมูลเกี่ยวกับ contigs เช่น การปฐมนิเทศ เปอร์เซ็นต์เอกลักษณ์
ครอบคลุมและทับซ้อนกับ contig อื่น ๆ นอกจากนี้ยังสามารถมองเห็นได้โดยการโหลดเอาต์พุต
ไฟล์คุณลักษณะใน ACT
ใช้ abacas ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net