ABYSS - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ABYSS - รวบรวมการอ่านสั้น ๆ เป็น contigs

เรื่องย่อ

เหว [ทางเลือกที่] ... ไฟล์...

DESCRIPTION

รวบรวมไฟล์อินพุตทั้งหมด FILE ซึ่งอาจอยู่ใน FASTA, FASTQ, qseq, ส่งออก, SRA, SAM หรือ
รูปแบบ BAM และอาจบีบอัดด้วย gz, bz2 หรือ xz และอาจถูก tarred

ผู้ใช้ที่ต้องการเรียกใช้แอสเซมบลีแบบเต็มด้วย ABySS แนะนำให้ใช้ abyss-pe เป็นของพวกเขา
จุดเริ่มต้นแทนที่จะเป็นโปรแกรม ABYSS abyss-pe เป็น Makefile ที่ประสานกันมากมาย
ของเครื่องมือ ABySS (รวมถึง ABYSS) เพื่อเรียกใช้ไพพ์ไลน์การประกอบ ABySS แบบเต็ม
abyss-pe สามารถทำได้หลายอย่างที่ ABYSS ไม่ใช่ เช่น การใช้ประโยชน์จาก
ข้อมูลระยะทางโดยการอ่านปลายคู่และการอ่านคู่คู่

--พรหมจรรย์
ละทิ้งการอ่านที่ไม่บริสุทธิ์ [ค่าเริ่มต้น]

--ไม่มีพรหมจรรย์
อย่าทิ้งการอ่านที่ไม่บริสุทธิ์

--ตัด-หน้ากาก
ตัดฐานที่ปิดบังจากจุดสิ้นสุดของการอ่าน [ค่าเริ่มต้น]

--no-trim-หน้ากาก
อย่าตัดฐานที่ปิดบังจากปลายอ่าน

-q, --ตัดแต่งคุณภาพ=THRESHOLD
ตัดแต่งฐานจากปลายการอ่านที่มีคุณภาพต่ำกว่าเกณฑ์

-Q, --mask-คุณภาพ=THRESHOLD
ปิดบังฐานทั้งหมดในการอ่านที่มีคุณภาพต่ำกว่าเกณฑ์

--คุณภาพมาตรฐาน
คุณภาพเป็นศูนย์คือ `!' (33)
ค่าเริ่มต้นสำหรับไฟล์ FASTQ และ SAM

--illumina-คุณภาพ
คุณภาพเป็นศูนย์คือ `@' (64)
ค่าเริ่มต้นสำหรับ qseq และส่งออกไฟล์

-o, --ออก=ไฟล์
เขียน contigs ไปยัง FILE

-k, --กม=KMER_SIZE
ขนาด k-mer

-t, --ตัดความยาว=TRIM_LENGTH
ความยาวสูงสุดของขอบห้อยต่องแต่ง

-c, --ความคุ้มครอง=ประกัน
ลบรอยต่อที่มีความครอบคลุม k-mer เฉลี่ยน้อยกว่าเกณฑ์นี้

-b, --ฟองสบู่=N
ป๊อปบับเบิลสั้นกว่า N bp (ค่าเริ่มต้น: 3*k)

-b0, --ไม่มีฟอง
ห้ามแตกฟอง

-e, --กัดเซาะ=ประกัน
กัดเซาะฐานที่ส่วนปลายของรอยต่อทื่อที่มีความครอบคลุมน้อยกว่าเกณฑ์นี้

-E, --erode-สาระ=ประกัน
กัดเซาะฐานที่ส่วนปลายของรอยต่อทื่อที่มีความครอบคลุมน้อยกว่าเกณฑ์นี้บน
ทั้งเส้น

--ครอบคลุม-hist=ไฟล์
บันทึกฮิสโตแกรมความครอบคลุม k-mer ใน FILE

-g, --กราฟ=ไฟล์
สร้างกราฟในรูปแบบจุด

-s, --snp=ไฟล์
บันทึกฟองสบู่แตกใน FILE

-v, --รายละเอียด
แสดงผลแบบละเอียด

--ช่วยด้วย แสดงวิธีใช้นี้และออกจาก

--รุ่น
ข้อมูลรุ่นส่งออกและการออก

ใช้ ABYSS ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net