dcmstack - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

dcmstack - ตัวแปลง DICOM เป็น NIfTI

DESCRIPTION

การใช้งาน: dcmstack [-h] [--force-read] [--file-ext FILE_EXT] [--allow-dummies]

[--dest-dir DEST_DIR] [-o OUTPUT_NAME] [--เอาท์พุทต่อ OUTPUT_EXT] [-d]
[--embed-meta] [-g GROUP_BY] [--สั่ง voxel VOXEL_ORDER] [-t TIME_VAR]
[--vector-var VECTOR_VAR] [--ลำดับเวลา TIME_ORDER] [--vector-order VECTOR_ORDER]
[-l] [--ปิดการใช้งาน-นักแปล DISABLE_TRANSLATOR] [--แยก-ส่วนตัว] [-i
INCLUDE_REGEX] [-e EXCLUDE_REGEX] [--default-regexes] [-v] [--เข้มงวด] [--เวอร์ชัน]
[src_dirs [src_dirs ...]]

สแต็คไฟล์ DICOM จากไดเร็กทอรีต้นทางแต่ละไดเร็กทอรีลงในวอลุ่ม 2D ถึง 5D โดยสามารถเลือกแยกได้
ข้อมูลเมตา

ตำแหน่ง ข้อโต้แย้ง:
src_dirs
ไดเร็กทอรีต้นทางที่มีไฟล์ DICOM

ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก

อินพุต ตัวเลือก:
--บังคับ-อ่าน
ลองอ่านไฟล์ทั้งหมดเป็น DICOM แม้ว่าจะไม่มีคำนำหน้าก็ตาม

--ไฟล์-ext FILE_EXT
ลองอ่านไฟล์ที่มีนามสกุลที่กำหนดเท่านั้น ค่าเริ่มต้น: .dcm

--อนุญาตหุ่น
อนุญาตไฟล์ DICOM ที่ไม่มีข้อมูลพิกเซล เติมส่วนของเอาต์พุต
nifti ที่มีค่าสูงสุดที่สามารถแสดงได้

เอาท์พุต ตัวเลือก:
--dest-ผบ DEST_DIR
ไดเร็กทอรีปลายทาง ค่าเริ่มต้นเป็นไดเร็กทอรีต้นทาง

-o OUTPUT_NAME --output-ชื่อ เอาท์พุต_NAME
สตริงรูปแบบ Python กำหนดชื่อไฟล์เอาต์พุตตามแท็ก DICOM

--เอาท์พุท-ต่อ เอาท์พุท_EXT
นามสกุลสำหรับประเภทไฟล์ที่ส่งออก ค่าเริ่มต้น: .nii.gz

-d, --การถ่ายโอนข้อมูลเมตา
ดัมพ์ข้อมูลเมตาที่แยกออกมาเป็นไฟล์ JSON ด้วยชื่อฐานเดียวกับ the
สร้าง Nifti

--embed-เมตา
ฝังข้อมูลเมตาที่แยกออกมาในส่วนขยายส่วนหัว Nifti (ในรูปแบบ JSON)

ซ้อนได้ ตัวเลือก:
-g กลุ่ม_BY, --group-โดย GROUP_BY
รายการที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคของคีย์ข้อมูลเมตาเพื่อจัดกลุ่มไฟล์อินพุตเป็นสแต็คด้วย

--voxel-คำสั่ง VOXEL_ORDER
สั่งซื้อ voxels เพื่อให้ดัชนีเชิงพื้นที่เริ่มต้นจากทิศทางเหล่านี้ในผู้ป่วย
ช่องว่าง. ทิศทางในพื้นที่ผู้ป่วยควรกำหนดเป็นรหัสอักขระสามตัว:
(l)eft, (r)ight, (a)nterior, (p)osterior, (s)uperior, (i)nferior ผ่านความว่างเปล่า
สตริงจะปิดใช้งานการวางแนวใหม่ ค่าเริ่มต้น: LAS

-t TIME_VAR, --เวลา-var TIME_VAR
คีย์เวิร์ดองค์ประกอบ DICOM ที่จะใช้สำหรับการสั่งซื้อสแต็กตามมิติเวลา

--เวกเตอร์-var VECTOR_VAR
คีย์เวิร์ดองค์ประกอบ DICOM ที่จะใช้สำหรับการสั่งซื้อสแต็กตามมิติเวกเตอร์

--เวลา-order TIME_ORDER
จัดเตรียมไฟล์ข้อความที่มีลำดับที่ต้องการสำหรับค่า (หนึ่งรายการต่อบรรทัด) ของ
แอตทริบิวต์ที่ใช้เป็นตัวแปรเวลา ตัวเลือกนี้ไม่ค่อยจำเป็น

--ลำดับเวกเตอร์ VECTOR_ORDER
จัดเตรียมไฟล์ข้อความที่มีลำดับที่ต้องการสำหรับค่า (หนึ่งรายการต่อบรรทัด) ของ
แอตทริบิวต์ที่ใช้เป็นตัวแปรเวกเตอร์ ตัวเลือกนี้ไม่ค่อยจำเป็น

Meta การสกัด และ กรอง ตัวเลือก:
-l, --list-นักแปล
แสดงรายการนักแปลที่เปิดใช้งานและออก

--disable-นักแปล DISABLE_TRANSLATOR
ปิดการใช้งานนักแปลสำหรับแท็กที่ให้มา แท็กควรอยู่ในรูปแบบ
"0x0_0x0". สามารถระบุได้มากกว่าหนึ่งรายการในรายการที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาค ถ้าคำว่า "ทั้งหมด"
จัดให้ นักแปลทั้งหมดจะถูกปิดการใช้งาน

--extract-ส่วนตัว
ดึงข้อมูลเมตาจากองค์ประกอบส่วนตัว แม้ว่าจะไม่มีนักแปลก็ตาม ถ้า
ค่าสำหรับองค์ประกอบมีไบต์ที่ไม่ใช่ ascii ซึ่งจะยังคงถูกละเว้น NS
ข้อมูลเมตาที่แยกออกมาอาจยังคงถูกกรองออกโดยนิพจน์ทั่วไป

-i INCLUDE_REGEX --รวม-regex รวม_REGEX
รวมข้อมูลเมตาที่คีย์ตรงกับนิพจน์ทั่วไปที่ให้มา นี้
จะแทนที่นิพจน์ที่ยกเว้นใดๆ นำไปใช้กับข้อมูลเมตาทั้งหมด

-e EXCLUDE_REGEX --ไม่รวม-regex ยกเว้น_REGEX
ยกเว้นข้อมูลเมตาที่คีย์ตรงกับนิพจน์ทั่วไปที่ให้มา นี้
จะเสริมนิพจน์การยกเว้นเริ่มต้น นำไปใช้กับข้อมูลเมตาทั้งหมด

--default-regexes
พิมพ์รายการเริ่มต้นรวมถึงและไม่รวมนิพจน์ทั่วไปและการออก

ทั่วไป ตัวเลือก:
-v, --รายละเอียด
พิมพ์ข้อมูลเพิ่มเติม

--เข้มงวด
ล้มเหลวในข้อยกเว้นแรกแทนที่จะแสดงคำเตือน

--รุ่น
แสดงเวอร์ชันและออก

เป็นความรับผิดชอบของคุณที่จะต้องทราบว่ามีข้อมูลสุขภาพส่วนตัวในเมตาดาต้าหรือไม่
สกัดโดยโปรแกรมนี้

ใช้ dcmstack ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net