gmx-densorder - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-densorder - คำนวณความผันผวนของพื้นผิว

เรื่องย่อ

gmx เดนเซอร์ [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [หรือ [<.ออก> -] [-ก [<.xpm> -]
[-สเปค [<.ออก> -] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ตอนนี้] [-[ไม่]1วัน] [-bw ]
[- น้ำตาล ] [-คำสั่ง ] [-แกน ]
[-กระบวนการ ] [-d1 ] [-d2 ]
[-บล็อก ] [-nระดับ ]

DESCRIPTION

GMX หนาแน่น ลดการกระจายความหนาแน่นสองเฟสตามแกน คำนวณผ่าน MD
วิถีสู่พื้นผิว 2D ที่ผันผวนตามเวลาโดยพอดีกับโปรไฟล์การใช้งานสำหรับ
ความหนาแน่นของพื้นผิว การแสดงข้อมูลเชิงพื้นที่เฉลี่ยตามเวลาของอินเทอร์เฟซสามารถ
เอาต์พุตพร้อมตัวเลือก -แท็ก.

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
ไฟล์อินพุตเรียกใช้ xdr แบบพกพา

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-n [<.ndx>] (index.ndx)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกเพื่อระบุไฟล์เอาต์พุต:

-o [<.dat>] (Density4D.dat) (เลือกได้)
ไฟล์ข้อมูลทั่วไป

หรือ [<.ออก> - (สวัสดีออก) (เลือกได้)
ไฟล์เอาต์พุตทั่วไป

-ก [<.xpm> - (อินเทอร์เฟซ.xpm) (เลือกได้)
ไฟล์เมทริกซ์ที่รองรับ X PixMap

-สเปค [<.ออก> - (intfspect.ออก) (เลือกได้)
ไฟล์เอาต์พุตทั่วไป

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-[ไม่]1วัน (ไม่มี)
เรขาคณิตอินเทอร์เฟซ Pseudo-1d

-bw (0.2)
Binwidth ของการกระจายความหนาแน่นสัมผัสกับอินเทอร์เฟซ

- น้ำตาล (0.05)
Binwidth ของการกระจายความหนาแน่นปกติถึงอินเตอร์เฟส

-คำสั่ง (0)
ลำดับตัวกรองเกาส์เซียน ลำดับ 0 เท่ากับไม่มีตัวกรอง

-แกน (ซ)
ทิศทางแกน - X, Y หรือ Z

-กระบวนการ (แบ่งครึ่ง)
วิธีการระบุตำแหน่งอินเทอร์เฟซ: แบ่งครึ่ง, ใช้งานได้

-d1 (0)
ความหนาแน่นรวม เฟส 1 (ที่ z เล็ก)

-d2 (1000)
ความหนาแน่นรวม เฟส 2 (ที่ z ขนาดใหญ่)

-บล็อก (100)
จำนวนเฟรมในหนึ่งบล็อกเวลาเฉลี่ย

-nระดับ (100)
จำนวนระดับความสูงในแบบ 2 มิติ - XPixMaps

ใช้ gmx-densorder ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net