นี่คือคำสั่ง go2fmtp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - เครื่องมือแปลงและห่อ
เรื่องย่อ
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml อภิปรัชญา/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml อภิปรัชญา/gene_ontology.obo
DESCRIPTION
แยกวิเคราะห์ไฟล์ ontology สไตล์ GO/OBO และเขียนเป็นรูปแบบอื่น
อาร์กิวเมนต์
-e ผิดพลาด
เขียนข้อผิดพลาดในการแยกวิเคราะห์ใน XML - ค่าเริ่มต้นเป็น STDERR (ไม่ควรมีข้อผิดพลาดในการแยกวิเคราะห์เป็นอย่างดี
ไฟล์ที่สร้างขึ้น)
-p FORMAT
กำหนดว่า parser ใดที่จะใช้ ถ้าไม่ระบุจะทำการเดาตาม file
คำต่อท้าย ดูด้านล่างสำหรับรูปแบบ
-w|นักเขียน FORMAT
รูปแบบการส่งออก - ดูด้านล่างสำหรับรายการ
-|xslt XSLT
ชื่อหรือชื่อไฟล์ของการแปลง XSLT
นี่อาจเป็นพาธสัมบูรณ์ไปยังไฟล์ที่ใดก็ได้บนระบบไฟล์ หรืออาจเป็นเพียง
เป็นชื่อของ xslt; เช่น
go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo
หากระบุชื่อไว้ ก่อนอื่น $G_ROOT/xml/xsl/*.xsl จะถูกค้นหา ถ้า
ไม่ได้ตั้งค่า GO_ROOT จากนั้นโมดูล Perl dir ที่ติดตั้ง GO จะถูกค้นหา (
xslts จะถูกติดตั้งที่นี่โดยอัตโนมัติหากคุณทำตามขั้นตอนการติดตั้งปกติ)
-use_cache
หากระบุสวิตช์นี้ไว้ โหมดแคชจะเปิดขึ้น
ด้วยโหมดแคช ในครั้งแรกที่คุณแยกวิเคราะห์ไฟล์ ไฟล์เพิ่มเติมจะเป็น
ส่งออกในรูปแบบพิเศษที่แยกวิเคราะห์ได้อย่างรวดเร็ว ไฟล์นี้จะมีชื่อไฟล์เหมือนกัน
เป็นไฟล์ต้นฉบับ ยกเว้นว่าจะมีส่วนต่อท้าย ".cache"
ครั้งต่อไปที่คุณแยกวิเคราะห์ไฟล์ โปรแกรมนี้จะตรวจสอบการมีอยู่โดยอัตโนมัติ
ของไฟล์ ".cache" หากมีและใหม่กว่าไฟล์ที่คุณระบุ this
ถูกแยกวิเคราะห์แทน ถ้าไม่มีก็สร้างใหม่
สิ่งนี้จะนำมาซึ่งการปรับปรุงความเร็วสำหรับ b ของรูปแบบผลลัพธ์ด้านล่าง (เช่น
รายการเส้นทาง) รูปแบบเอาต์พุตส่วนใหญ่ทำงานกับการแยกวิเคราะห์ตามเหตุการณ์ ดังนั้นการแคชวัตถุจึงทำให้
ไม่มีประโยชน์และในความเป็นจริงจะช้ากว่าการข้ามแคช
รูปแบบ
รูปแบบที่เขียนได้คือ
go_ont
ไฟล์ที่มีคำต่อท้าย ".ontology"
สิ่งเหล่านี้เก็บ ontology DAGs
go_def
ไฟล์ที่มีคำต่อท้าย ".defs"
go_xref
การอ้างอิงฐานข้อมูลภายนอกสำหรับเงื่อนไข GO
ไฟล์ที่มีคำต่อท้าย "2go" (เช่น ec2go, metacyc2go)
go_assoc
คำอธิบายประกอบของยีนหรือผลิตภัณฑ์ยีนโดยใช้GO
ไฟล์ที่มีคำนำหน้า "การเชื่อมโยงยีน"
obo_text
ไฟล์ที่มีคำต่อท้าย ".obo"
นี่คือการแทนที่รูปแบบไฟล์ใหม่สำหรับรูปแบบไฟล์ GO flat ที่มีอยู่ มัน
จัดการ ontology คำจำกัดความและ xrefs (แต่ไม่ใช่การเชื่อมโยง)
obo_xml
ไฟล์ที่มีคำต่อท้าย ".obo.xml" หรือ ".obo-xml"
นี่คือเวอร์ชัน XML ของรูปแบบไฟล์แบน OBO ด้านบน
อารัมภบท
ข้อเท็จจริงเกี่ยวกับการเปิดฉาก - คุณจะต้องมีคอมไพเลอร์/ล่ามคำนำเพื่อใช้งานสิ่งเหล่านี้ คุณสามารถ
เหตุผลเกี่ยวกับข้อเท็จจริงเหล่านี้โดยใช้ Obol หรือโครงการ Bio-LP ที่จะเกิดขึ้น
tbl การแสดงตารางแบบง่าย (สูญเสีย)
สรุป
สามารถใช้ได้ทั้งไฟล์ ontology และไฟล์สมาคม
รายการเส้นทาง
แสดงเส้นทางทั้งหมดไปยังรูท
รูปแบบนกฮูก OWL (ค่าเริ่มต้น: OWL-DL)
OWL เป็นรูปแบบมาตรฐาน W3C สำหรับออนโทโลจี
คุณจะต้องใช้ไฟล์ XSL จาก go-dev distribution แบบเต็มเพื่อเรียกใช้สิ่งนี้ ดู XML
ส่วนในhttp://www.godatabase.org/dev>
obj_yaml
การแสดง YAML ของวัตถุ GO::Model::Graph
obj_storable
ดัมพ์ของวัตถุ perl GO::Model::Graph คุณต้องการ Storable จาก CPAN เพื่อ
งาน. สิ่งนี้มีจุดประสงค์เพื่อแคชอ็อบเจ็กต์บนระบบไฟล์ เพื่อการเข้าถึงที่รวดเร็ว NS
การแสดง obj_storable อาจไม่สามารถพกพาได้
text_html
รูปแบบเอาต์พุต OBO ที่แก้ไขด้วย html
godb_prestore
XML ที่แมปโดยตรงกับสคีมาเชิงสัมพันธ์ของ GODB (จากนั้นสามารถโหลดได้โดยใช้
stag-storenode.pl)
chadodb_prestore
XML ที่แมปโดยตรงกับสกีมาเชิงสัมพันธ์ Chado (จากนั้นสามารถโหลดได้โดยใช้
stag-storenode.pl)
เอกสารฉบับ
<http://www.godatabase.org/dev>
ใช้ go2fmtp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net