นี่คือคำสั่ง hhconsensus ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
hhconsensus - คำนวณลำดับฉันทามติสำหรับไฟล์อินพุต A3M/FASTA
เรื่องย่อ
ฉันทามติ -i [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
HHconsensus เวอร์ชัน 2.0.16 (มกราคม 2013) คำนวณลำดับฉันทามติสำหรับ an
ไฟล์อินพุต A3M/FASTA (C) โยฮันเนส โซดิง, ไมเคิล เรมเมิร์ต, อันเดรียส บีเกิร์ต, อันเดรียส
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A และ Soding J. HHblits: การวนซ้ำแบบสายฟ้าแลบ
การค้นหาลำดับโปรตีนโดยการจัดตำแหน่ง HMM-HMM แนท. วิธี 9:173-175 (2011)
-i
การจัดแนวข้อความค้นหา (A2M, A3M หรือ FASTA) หรือแบบสอบถาม HMM
เอาท์พุต ตัวเลือก:
-s
ต่อท้ายลำดับฉันทามติใน FASTA (ค่าเริ่มต้น= )
-o
เขียนการจัดตำแหน่งด้วยลำดับฉันทามติใน A3M
-o3m
เดียวกัน
-o2m
เขียนการจัดตำแหน่งด้วยลำดับฉันทามติใน A2M
-ofas
เขียนการจัดตำแหน่งด้วยลำดับฉันทามติในFASTA
-v
โหมด verbose: 0:ไม่มีเอาต์พุตหน้าจอ 1:เพียง warings 2: verbose
ตัวกรอง อินพุต การวางแนว (ตัวเลือก สามารถ be รวม):
-NS [0,100] เอกลักษณ์ของลำดับคู่สูงสุด (%) (def=100)
-ความแตกต่าง [0,inf[ กรองชุดลำดับที่หลากหลายที่สุด โดยเก็บไว้อย่างน้อยที่สุด
หลายลำดับในแต่ละบล็อกมากกว่า 50 คอลัมน์ (def=0)
-โคว [0,100] ความครอบคลุมขั้นต่ำพร้อมข้อความค้นหา (%) (def=0)
-qid [0,100] เอกลักษณ์ของลำดับขั้นต่ำพร้อมข้อความค้นหา (%) (def=0)
-qsc [0,100] คะแนนขั้นต่ำต่อคอลัมน์พร้อมแบบสอบถาม (def=-20.0)
อินพุต การวางแนว รูปแบบ:
-M a2m ใช้ A2M/A3M (ค่าเริ่มต้น): ตัวพิมพ์ใหญ่ = ตรงกัน; ตัวพิมพ์เล็ก = แทรก; '-' = ลบ; '.' =
ช่องว่างที่ชิดกับเม็ดมีด (อาจละเว้น)
-M เป็นครั้งแรก
ใช้ FASTA: คอลัมน์ที่มีเรซิดิวในลำดับที่ 1 เป็นสถานะการจับคู่
-M [0,100]
ใช้ FASTA: คอลัมน์ที่มีช่องว่างน้อยกว่า X% เป็นสถานะการจับคู่
อื่นๆ ตัวเลือก:
-เพิ่ม เพิ่มข้อมูลโครงสร้างรองที่คาดการณ์ไว้จาก PSIPRED
ตัวอย่าง: hhconsensus -i สเตดิน -s แย่
ใช้ hhconsensus ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net