นี่คือคำสั่ง hmm2emit ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
hmm2emit - สร้างลำดับจากโปรไฟล์ HMM
เรื่องย่อ
อืม2ปล่อย [ตัวเลือก] อืมไฟล์
DESCRIPTION
อืม2ปล่อย อ่านไฟล์ HMM จาก อืมไฟล์ มี HMM หนึ่งรายการขึ้นไป และสร้าง a
จำนวนลำดับจากแต่ละ HMM; หรือถ้า -c เลือกตัวเลือกแล้วสร้างเดียว
ฉันทามติส่วนใหญ่กฎ สิ่งนี้มีประโยชน์สำหรับการใช้งานที่หลากหลายซึ่งต้องการ
การจำลองลำดับที่สอดคล้องกับฉันทามติของตระกูลซีเควนซ์
โดยค่าเริ่มต้น อืม2ปล่อย สร้าง 10 ลำดับและส่งออกในรูปแบบ FASTA (ไม่จัดแนว)
OPTIONS
-a เขียนลำดับที่สร้างขึ้นในรูปแบบการจัดตำแหน่ง (SELEX) แทนที่จะเป็น FASTA
-c ทำนายลำดับฉันทามติตามกฎส่วนใหญ่แทนลำดับการสุ่มตัวอย่าง
จากการกระจายความน่าจะเป็นของ HMM สารตกค้างที่มีการอนุรักษ์สูง (p >= 0.9 for
DNA, p >= 0.5 สำหรับโปรตีน) แสดงเป็นตัวพิมพ์ใหญ่ ส่วนอื่นๆ จะแสดงเป็นตัวพิมพ์เล็ก
สถานะการแทรกบางสถานะอาจกลายเป็นส่วนหนึ่งของฉันทามติของกฎส่วนใหญ่เนื่องจากเป็น
ใช้ใน >= 50% ของลำดับที่สร้างขึ้น เมื่อสิ่งนี้เกิดขึ้น สารตกค้างที่เกิดจากเม็ดมีด
จะแสดงเป็น "x" อย่างง่าย
-h พิมพ์ความช่วยเหลือสั้น ๆ รวมหมายเลขเวอร์ชันและบทสรุปของตัวเลือกทั้งหมด รวมทั้ง
ตัวเลือกผู้เชี่ยวชาญ
-n ผลิต ลำดับ ค่าเริ่มต้นคือ 10
-o บันทึกลำดับการสังเคราะห์ลงในไฟล์ แทนที่จะเขียนลงใน stdout
-q เงียบ; ระงับเอาต์พุตทั้งหมดยกเว้นซีเควนซ์เอง มีประโยชน์สำหรับการวางท่อ
หรือกำกับการส่งออก
EXPERT OPTIONS
--เมล็ด
ตั้งค่าเมล็ดสุ่มเป็น , ที่ไหน เป็นจำนวนเต็มบวก ค่าเริ่มต้นคือการใช้
เวลา() เพื่อสร้างเมล็ดพันธุ์ที่แตกต่างกันสำหรับการรันแต่ละครั้งซึ่งหมายความว่าสองที่แตกต่างกัน
วิ่งของ อืม2ปล่อย บน HMM เดียวกันจะให้ผลลัพธ์ที่แตกต่างกันเล็กน้อย คุณสามารถใช้ได้
ตัวเลือกนี้เพื่อสร้างผลลัพธ์ที่ทำซ้ำได้
ใช้ hmm2emit ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net