นี่คือชุดคำสั่งที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
insegt - การตัดกันของ SEcond Generation sequencing daTa พร้อมคำอธิบายประกอบ
เรื่องย่อ
แทรก [ตัวเลือก]
DESCRIPTION
INSEGT เป็นเครื่องมือในการวิเคราะห์การจัดตำแหน่งของการอ่าน RNA-Seq (ปลายเดี่ยวหรือปลายคู่)
โดยใช้คำอธิบายประกอบของยีน
อินพุตไปยัง INSEGT เป็นไฟล์ SAM ที่มีการจัดตำแหน่งและไฟล์ที่มี
คำอธิบายประกอบของจีโนมอ้างอิง ไม่ว่าจะอยู่ในรูปแบบ GFF หรือ GTF
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้
--รุ่น
แสดงข้อมูลเกี่ยวกับรุ่น
ตัวเลือก: :
-ro, --read-เอาท์พุท ไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุตสำหรับการอ่านเอาต์พุต ซึ่งมีคำอธิบายประกอบที่แมปแล้วตามด้วย
คำอธิบายประกอบหลักของพวกเขา ประเภทไฟล์ที่ถูกต้องคือ: gff
-ถึง, --anno-เอาท์พุท ไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุตสำหรับ anno-output ซึ่งมีคำอธิบายประกอบที่คล้ายกับ GFF
อินพุตและการนับเพิ่มเติมของการอ่านที่แมปและนิพจน์ที่ทำให้เป็นมาตรฐาน
ระดับใน RPKM ประเภทไฟล์ที่ถูกต้องคือ: gff
-ถึง, --tuple-เอาท์พุท ไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุตสำหรับ tuple-output ซึ่งมี exon tuples เชื่อมต่อด้วยการอ่านหรือ
คู่หู ประเภทไฟล์ที่ถูกต้องคือ: gff
-NS, --ฟิวชั่น-เอาท์พุต STR
ชื่อไฟล์เอาต์พุตสำหรับ fusion-output ซึ่งมี exon tuple ของ gene fusions
(ตัวเลือกขั้นสูง ขณะนี้ไม่มีพอร์ตเอาต์พุตสำหรับ KNIME) หนึ่งในจีเอฟ
-n, --ntuple INT
ntuple ค่าเริ่มต้น: 2.
-o, --offset-ช่วงเวลา INT
ออฟเซ็ตเป็นช่วงการจัดตำแหน่งสั้นสำหรับการค้นหา ค่าเริ่มต้น: 5.
-t, --เกณฑ์-ช่องว่าง INT
เกณฑ์สำหรับช่องว่างที่อนุญาตในการจัดตำแหน่ง (ไม่ใช่อินตรอน) ค่าเริ่มต้น: 5.
-c, --เกณฑ์-นับ INT
เกณฑ์ขั้นต่ำ นับทูเพิลสำหรับเอาต์พุต ค่าเริ่มต้น: 1.
-r, --threshold-rpm ซ้อน
เกณฑ์ขั้นต่ำ RPKM ของทูเพิลสำหรับเอาต์พุต ค่าเริ่มต้น: 0.0
-m, --max-ทูเพิล
สร้างเฉพาะ maxTuple (ซึ่งครอบคลุมโดยการอ่านทั้งหมด)
-e, --ที่แน่นอน-ntuple
สร้างทูเพิลที่มีความยาวที่แน่นอนเท่านั้น โดยค่าเริ่มต้น tuple ทั้งหมดถึงความยาวที่กำหนด
ถูกคำนวณ (ถ้า -m ถูกตั้งค่า -e จะถูกละเว้น)
-u, --ไม่ทราบทิศทาง
ไม่ทราบทิศทางของการอ่าน
ตัวอย่าง
สิ่งที่ใส่เข้าไป
example/alignments.sam ตัวอย่าง/annotations.gff
เรียกใช้ INSEGT ในไฟล์ตัวอย่างด้วยพารามิเตอร์เริ่มต้น
สิ่งที่ใส่เข้าไป -m example/alignments.sam ตัวอย่าง/annotations.gff
เรียกใช้ INSEGT ในไฟล์ตัวอย่างและคำนวณเฉพาะ maxTuple เท่านั้น
สิ่งที่ใส่เข้าไป -c 2 example/alignments.sam ตัวอย่าง/annotations.gff
เรียกใช้ INSEGT ในไฟล์ตัวอย่างและส่งออกทูเพิลด้วยค่านาทีเท่านั้น นับ 2
VERSION
insegt เวอร์ชัน: 1.0 อัปเดตล่าสุด 2012-09-11
ใช้ insegt ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net