kalign - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

kalign - ดำเนินการจัดตำแหน่งหลายลำดับทางชีววิทยา

เรื่องย่อ

จัด [infile.fasta] [outfile.fasta] [ตัวเลือก]

จัด [-ผม infile.fasta] [-โอ outfile.fasta] [ตัวเลือก]

จัด [< infile.fasta] [> outfile.fasta] [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

กะลัง เป็นเครื่องมือบรรทัดคำสั่งเพื่อดำเนินการจัดแนวลำดับทางชีวภาพหลายแบบ มัน
ใช้อัลกอริธึมการจับคู่สตริง Muth?Manber เพื่อปรับปรุงทั้งความแม่นยำและความเร็ว
ของการจัดตำแหน่ง มันใช้วิธีการจัดตำแหน่งระดับโลกที่ก้าวหน้า เสริมด้วยการใช้an
อัลกอริธึมการจับคู่สตริงโดยประมาณเพื่อคำนวณระยะทางของลำดับและโดยการรวม
การแข่งขันระดับท้องถิ่นในการจัดตำแหน่งระดับโลกอย่างอื่น

OPTIONS

-s -จีพีโอ -กาโพเปน -gap_open x
ช่องว่างเปิดโทษ

-e -gpe -gap_ext -การขยายช่องว่าง x
บทลงโทษการขยายช่องว่าง

-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
บทลงโทษช่องว่างเทอร์มินัล

-m -โบนัส -matrix_โบนัส x
ค่าคงที่ที่เพิ่มไปยังเมทริกซ์การแทนที่

-c -เรียงลำดับ <อินพุต, ต้นไม้ ช่องว่าง>
ลำดับที่ลำดับปรากฏในการจัดตำแหน่งเอาต์พุต

-g -ลักษณะเฉพาะ
เลือกโหมดคุณสมบัติและระบุว่าคุณสมบัติใดที่จะใช้: เช่น ทั้งหมด, maxplp,
โครงสร้าง PFAM-A?

-same_feature_score
คะแนนสำหรับการจัดตำแหน่งคุณสมบัติเดียวกัน

-diff_feature_score
บทลงโทษสำหรับการจัดตำแหน่งคุณลักษณะต่างๆ

-d - ระยะทาง <วู, คู่>
วิธีระยะทาง

-b -ต้นไม้ -ไกด์-ทรี <เอ็นเจ, upgma>
คู่มือวิธีการต้นไม้

-z -zcutoff
พารามิเตอร์ที่ใช้ในการคำนวณระยะทางตาม wu-manber

-i -in -ป้อนข้อมูล
ชื่อของไฟล์อินพุต

-o -ออก -เอาต์พุต
ชื่อของไฟล์ที่ส่งออก

-a -gap_inc
เพิ่มโทษช่องว่างขึ้นอยู่กับจำนวนของช่องว่างที่มีอยู่

-f -รูปแบบ <ฟาสต้า, msf, อัล คลู macsim>
รูปแบบเอาต์พุต

-q -เงียบ
พิมพ์อะไรไปที่ STDERR อ่านอะไรจาก STDIN

ข้อมูลอ้างอิง

· Timo Lassmann และ Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - ทวีคูณที่แม่นยำและรวดเร็ว
อัลกอริธึมการจัดลำดับ BMC ชีวสารสนเทศ 6:298

· Timo Lassmann, Oliver Frings และ Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
การจัดตำแหน่งโปรตีนและนิวคลีโอไทด์หลายตำแหน่งที่มีประสิทธิภาพสูงช่วยให้
คุณสมบัติภายนอก การวิจัยกรดนิวคลีอิก 3:858?865.

ผู้เขียน

timo ลาสมันน์ <timolasmann@gmail.com>
ผู้เขียนต้นน้ำของ Kalign

Charles แย่ <plesy@debian.org>
เขียน manpage

ลิขสิทธิ์

ลิขสิทธิ์ © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann

Kalign เป็นซอฟต์แวร์ฟรี คุณสามารถแจกจ่ายซ้ำและ/หรือแก้ไขได้ภายใต้เงื่อนไขของ
GNU General Public License เผยแพร่โดย Free Software Foundation

หน้าคู่มือนี้เขียนโดย Charles Plessyplesy@debian.org> สำหรับ Debian(TM)
ระบบ (แต่อาจใช้โดยผู้อื่น) อนุญาตให้คัดลอก แจกจ่าย และ/หรือ
แก้ไขเอกสารนี้ภายใต้เงื่อนไขเดียวกับ kalign เอง

บนระบบ Debian ข้อความที่สมบูรณ์ของ GNU General Public License เวอร์ชัน 2 สามารถเป็น
พบใน /usr/share/common-licenses/GPL-2.

ใช้ kalign ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net