นี่คือคำสั่ง maqview ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
Maqview - ตัวสร้างดัชนีและตัวแสดงการจัดตำแหน่ง Maq
เรื่องย่อ
มาควินเดกซ์ -i|-v|-b [-c in.cns] ในแผนที่ [chr[:เริ่มต้น[-ปลาย-
มาควิว [-c in.cns] ในแผนที่
DESCRIPTION
แม็กวิว เป็นชุดของโปรแกรมที่เข้าถึงไฟล์การจัดตำแหน่งแบบสุ่มอย่างรวดเร็ว
สร้างโดย `MAQ map' และแสดงการจัดตำแหน่งด้วย GUI ที่ดี (Graphical User
อินเตอร์เฟซ). มีประสิทธิภาพสูงในด้านความเร็ว หน่วยความจำ และการใช้ดิสก์ แม็กวิว ขึ้นอยู่กับ
OpenGL และเป็นที่รู้จักในการทำงานทั้งบน Mac OS X และ Linux การย้ายไปยัง Windows เป็นไปตามหลักการ
ง่าย.
มาควินเดกซ์
มาควินเดกซ์ -i|-v|-b [-c in.cns] ในแผนที่ [chr[:เริ่มต้น[-ปลาย-
-i จัดทำดัชนีไฟล์การจัดตำแหน่ง
-v พิมพ์การจัดตำแหน่งในภูมิภาคที่ระบุในรูปแบบ `maq mapview'
-b ดัมพ์การจัดตำแหน่งในภูมิภาคที่ระบุในรูปแบบไบนารี .map
-c ไฟล์ จัดทำดัชนีไฟล์ฉันทามติของ Maq สำหรับการดูใน maqview พร้อมกัน
โครงการ มาควินเดกซ์ จัดทำดัชนีไฟล์การจัดตำแหน่ง maq ในแผนที่ หรือดึงการอ่านทั้งหมดอย่างรวดเร็วใน
หนึ่งหรือหลายภูมิภาค หนึ่งใน -i, -v และ -b จะต้องใช้ สำหรับ -v or -b, อย่างน้อยหนึ่ง
ต้องระบุภูมิภาค เช่น `chrX', `chrX:1000' หรือ `chrX:1,000-2,000' หลายภูมิภาค
ได้รับอนุญาต.
มาควิว
มาควิว [-c in.cns] ในแผนที่
-c ไฟล์ ไฟล์ฉันทามติของ Maq
โครงการ มาควิว แสดงการจัดตำแหน่งการอ่านในหน้าต่างกราฟิก เมื่อไหร่ in.cns is
ระบุ ลำดับบนสุดคือการอ้างอิง ตามด้วยลำดับฉันทามติของ Maq
มิฉะนั้น จะมีการคำนวณฉันทามติตามกฎส่วนใหญ่
Maqview มีสองมุมมอง: มุมมองลำดับและมุมมองกล่อง ในมุมมองลำดับ อ่านลำดับ
จะถูกพิมพ์บนหน้าจอ เบสที่เข้มกว่าบ่งบอกถึงคุณภาพเบสที่ต่ำกว่าและเบสสีแดง
แสดงความแตกต่างเมื่อเปรียบเทียบกับการอ้างอิง if in.cns ระบุไว้หรือเพื่อ
ฉันทามติส่วนใหญ่กฎถ้าไม่ ในมุมมองกล่อง นิวคลีโอไทด์ประเภทต่างๆ ได้แก่
แสดงเป็นกล่องสีที่มีสีเขียวสำหรับ A, สีฟ้าสำหรับ C, สีส้มสำหรับ G, สีแดงสำหรับ T และ dark
สีเทาสำหรับ N ความอิ่มตัวของสีบ่งบอกถึงคุณภาพฐานและเส้นความหนา
ของการอ่านจะแสดงคุณสมบัติการทำแผนที่ของการจัดตำแหน่งการอ่าน รองรับการซูมเข้า/ออกเท่านั้น
ในมุมมองกล่อง ในทั้งสองมุมมอง แถบสถานะที่ด้านล่างของหน้าต่างจะแสดงบางอย่าง
ข้อมูลเกี่ยวกับการสัมผัสปุ่ม และอ่านชื่อและคุณสมบัติพื้นฐานที่ชี้ด้วยเมาส์
การนำทางการจัดตำแหน่งทำได้โดยการผูกคีย์ต่างๆ
· การผูกคีย์:
? แสดงความช่วยเหลือ
ทางออก
มุมมองลำดับ
มุมมองกล่อง
p เปลี่ยนไปใช้ลำดับการอ้างอิงก่อนหน้า
n สลับไปยังลำดับอ้างอิงถัดไป
r รีเฟรช
ย้ายไปยังตำแหน่งที่ชี้โดย
ชม / เลื่อนไปทางซ้ายหนึ่งฐาน
ล. / เลื่อนไปทางขวาหนึ่งฐาน
เค / เลื่อนขึ้นหนึ่งบรรทัด
NS / เลื่อนลงหนึ่งบรรทัด
> ย้ายไปอ่านถัดไป
< ย้ายไปอ่านก่อนหน้า
NS / ย้ายไปที่จุดเริ่มต้นของการอ้างอิงปัจจุบัน
NS / ย้ายไปที่จุดสิ้นสุดของการอ้างอิงปัจจุบัน
ยู / เลื่อนไปทางซ้ายหนึ่งหน้า
/ เลื่อนไปทางขวาหนึ่งหน้า
ย้ายโดย 100 ฐาน
ย้ายโดย 1000 ฐาน
+ เพิ่มมุมมองใหม่
- ลบมุมมองปัจจุบัน
สลับเปิด/ปิดขวา เลื่อนอัตโนมัติ
^b สลับเปิด/ปิด เลื่อนอัตโนมัติด้านซ้าย
+ ซูมเข้า
- ซูมออก
0 ซูมไปที่มาตราส่วนเริ่มต้น
q สลับการแสดง/ซ่อนคุณสมบัติการทำแผนที่
e Toggle แสดงคุณสมบัติการแมป SE/PE
o เปิดไฟล์การจัดตำแหน่งใหม่
· ใส่จำนวนเต็มแล้วกด เพื่อข้ามไปยังตำแหน่งที่ต้องการ
· ป้อนจำนวนเต็มแล้วกดแป้นอื่นที่ไม่ใช่ เพื่อเพิ่มความเร็วในการเลื่อนโดย
ปัจจัยที่กำหนด
· คลิกซ้ายแล้วลากกากบาทสีเหลืองในช่องสี่เหลี่ยมเพื่อเลื่อนไปตามลำดับ ถูกต้อง
คลิกการอ้างอิงเพื่อเน้นคอลัมน์
ใช้ maqview ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net