นี่คือคำสั่ง mhap ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
mhap - ลำดับความน่าจะเป็นที่ทับซ้อนกัน
DESCRIPTION
กรุณาตั้งค่า -s หรือ -p ตัวเลือก. ดูตัวเลือกด้านล่าง: MHAP: MinHash Alignment Protocol
เครื่องมือสำหรับค้นหาการทับซ้อนของลำดับการอ่านที่ยาวนาน (เช่น PacBio หรือ Nanopore) ใน
ชีวสารสนเทศศาสตร์
รุ่น: 1.6 เวลาสร้าง: 09/12/2015 11:46 น. การใช้งาน 1 (ดำเนินการโดยตรง): java
-Server -Xmx - โถ -s[-NS
ไฟล์>] [-f ] การใช้งาน 2 (สร้าง precomputed
ไบนารี): java -Server -Xmx - โถ -p
-q [-NS ]
--การจัดตำแหน่ง, ค่าเริ่มต้น = false
ตัวเลือกการทดลอง
--การจัดตำแหน่ง-offset, ค่าเริ่มต้น = -0. 535
ออฟเซ็ตเพื่อพิจารณาความแปรปรวนในคะแนนการจับคู่การจัดตำแหน่ง
--การจัดตำแหน่ง-คะแนน, ค่าเริ่มต้น = 1.0E-6
คะแนนคัตออฟสำหรับการจับคู่การจัดตำแหน่ง
--กรองเกณฑ์, ค่าเริ่มต้น = 1.0E-5
[สองเท่า] การตัดที่ k-mer ในไฟล์ตัวกรอง k-mer ถูกพิจารณา
ซ้ำ. ค่านี้สำหรับ k-mer เฉพาะถูกระบุในคอลัมน์ที่สองใน
ไฟล์ตัวกรอง หากไม่มีไฟล์ตัวกรอง ตัวเลือกนี้จะถูกละเว้น
--ช่วยด้วย, ค่าเริ่มต้น = false
แสดงเมนูช่วยเหลือ
--max-กะ, ค่าเริ่มต้น = 0.2
[สองเท่า] ขนาดพื้นที่ไปทางซ้ายและขวาของการทับซ้อนกันโดยประมาณตามที่ได้รับ
จากกะมัธยฐานและความยาวของลำดับ โดยที่การจับคู่ k-mer ยังคงอยู่
ถือว่าใช้ได้ ตัวกรองขั้นที่สองเท่านั้น
--min-เก็บความยาว, ค่าเริ่มต้น = 0
[int], ความยาวขั้นต่ำของการอ่านที่เก็บไว้ในกล่อง ใช้เพื่อกรองออก
อ่านสั้น ๆ จากไฟล์ FASTA
--nanopore-เร็ว, ค่าเริ่มต้น = false
ตั้งค่าพารามิเตอร์ทั้งหมดสำหรับการตั้งค่าแบบเร็วของ Nanopore นี่คือสิ่งที่ดีที่สุดในปัจจุบัน
คำแนะนำและสามารถเปลี่ยนแปลงได้ตลอดเวลาโดยไม่มีการเตือน
--ไม่มีตัวตน, ค่าเริ่มต้น = false
อย่าคำนวณการทับซ้อนระหว่างลำดับภายในกล่อง ควรใช้เมื่อ
ไปและกลับจากซีเควนซ์มาจากไฟล์ต่างๆ
--num-แฮช, ค่าเริ่มต้น = 512
[int] จำนวน min-mer ที่ใช้ใน MinHashing
--num-min-ตรงกัน, ค่าเริ่มต้น = 3
[int] ขั้นต่ำ # min-mer ที่ต้องแชร์ก่อนคำนวณตัวกรองขั้นที่สอง
ลำดับใดๆ ที่ต่ำกว่าค่านั้นจะถือว่าไม่ทับซ้อนกัน
--num-กระทู้, ค่าเริ่มต้น = 12
[int] จำนวนเธรดที่จะใช้ในการคำนวณ โดยทั่วไปจะตั้งค่าเป็น 2 x #cores
--pacbio-เร็ว, ค่าเริ่มต้น = false
ตั้งค่าพารามิเตอร์ทั้งหมดสำหรับการตั้งค่าอย่างรวดเร็วของ PacBio นี่คือสิ่งที่ดีที่สุดในปัจจุบัน
คำแนะนำและสามารถเปลี่ยนแปลงได้ตลอดเวลาโดยไม่มีการเตือน
--pacbio-มีความสำคัญ, ค่าเริ่มต้น = false
ตั้งค่าพารามิเตอร์ทั้งหมดสำหรับการตั้งค่าที่ละเอียดอ่อนของ PacBio นี่คือสิ่งที่ดีที่สุดในปัจจุบัน
คำแนะนำและสามารถเปลี่ยนแปลงได้ตลอดเวลาโดยไม่มีการเตือน
--store-เต็ม-id, ค่าเริ่มต้น = false
จัดเก็บ ID แบบเต็มตามที่เห็นในไฟล์ FASTA แทนที่จะจัดเก็บเพียงลำดับ
ตำแหน่งในไฟล์. ไฟล์ FASTA บางไฟล์มี IDS ยาว ส่งผลให้ผลลัพธ์ช้าลง
ตัวเลือกนี้จะถูกละเว้นเมื่อใช้รูปแบบไฟล์บีบอัด
--เกณฑ์, ค่าเริ่มต้น = 0.04
[สองเท่า] การตัดคะแนนความคล้ายคลึงกันของเกณฑ์สำหรับการเรียงลำดับขั้นที่สอง
กรอง. ขึ้นอยู่กับจำนวนเฉลี่ยของการจับคู่ k-mers ในการทับซ้อนกัน
ภูมิภาค
--รุ่น, ค่าเริ่มต้น = false
แสดงรุ่นและเวลาสร้าง
-- ถ่วงน้ำหนัก, ค่าเริ่มต้น = false
ดำเนินการ MinHashing แบบถ่วงน้ำหนัก
-fค่าเริ่มต้น = ""
ไฟล์ตัวกรอง k-mer ใช้สำหรับกรอง k-mers ที่ซ้ำกันมาก ต้องจัด
เรียงลำดับความถี่จากมากไปน้อย (คอลัมน์ที่สอง)
-h, ค่าเริ่มต้น = false
แสดงเมนูช่วยเหลือ
-k, ค่าเริ่มต้น = 16
[int] ขนาด k-mer ใช้สำหรับ MinHashing ขนาด k-mer สำหรับตัวกรองขั้นที่สองคือ
แยกจากกันและไม่สามารถแก้ไขได้
-pค่าเริ่มต้น = ""
การใช้งาน 2 เท่านั้น ไดเร็กทอรีที่มีไฟล์ FASTA ที่ควรแปลงเป็น
รูปแบบไบนารีสำหรับการจัดเก็บ
-qค่าเริ่มต้น = ""
การใช้งาน 1: ไฟล์ FASTA ของการอ่านหรือไดเร็กทอรีของไฟล์ที่จะเปรียบเทียบกับ
ชุดอ่านในกล่อง (ดู -s). การใช้งาน 2: ไดเร็กทอรีเอาต์พุตสำหรับไบนารี
ไฟล์ข้อมูลที่จัดรูปแบบ
-sค่าเริ่มต้น = ""
การใช้งาน 1 เท่านั้น ไฟล์ FASTA หรือไบนารี dat (ดูการใช้งาน 2) ของการอ่านที่จะ
เก็บไว้ในกล่องและจะนำมาเปรียบเทียบกับการอ่านครั้งต่อๆ ไป
ใช้ mhap ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net