นี่คือคำสั่ง mirabit ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
Mirabait - เลือกการอ่านจากคอลเลคชันการอ่าน
เรื่องย่อ
มิราบิท [-f ] [-t [-NS ... ]] [-อิคลอ] เบทไฟล์ infile
DESCRIPTION
มิราบิท เลือกอ่านจากคอลเล็กชันการอ่านที่มีความคล้ายคลึงหรือเท่ากับ
ลำดับที่กำหนดเป็นเหยื่อล่อเป้าหมาย ความคล้ายคลึงถูกกำหนดโดยการค้นหาผู้ใช้ที่ปรับได้
จำนวน k-mers ทั่วไป (ลำดับของ k เบสที่ต่อเนื่องกัน) ซึ่งเท่ากันในเหยื่อ
ซีเควนซ์และซีเควนซ์ที่คัดเลือกมา ทั้งแบบเดินหน้าและถอยหลัง
เสริมทิศทาง
OPTIONS
-f
โหลดไฟล์โครงการประเภทนี้ โดยที่ fromtype คือ:
ลำดับคาเฟ่จากCAF
ลำดับ maf จาก MAF
ลำดับ phd จาก PHD
ลำดับ gbf จาก GBF
ลำดับ fasta จาก FASTA
ลำดับ fastq จาก FASTQ
-t
เขียนลำดับประเภทนี้ (กล่าวถึงหลายครั้งของ -t ได้รับอนุญาต):
ลำดับ fasta ถึง FASTA
ลำดับ fastq เป็น FASTQ
ลำดับ caf ถึง CAF
ลำดับ maf เป็น MAF
ชื่อลำดับ txt เป็นไฟล์ข้อความ
-k k-mer, ความยาวของเหยื่อในฐาน (<32, ค่าเริ่มต้น=31)
-n นาที. จำนวนเหยื่อ k-mer ที่ต้องการ (ค่าเริ่มต้น=1)
-i ตีผกผัน: เขียนเฉพาะลำดับที่ไม่ตีเหยื่อ
-r ไม่มีการตรวจสอบทิศทางการเติมเต็มย้อนกลับ
-o ออฟเซ็ตคุณภาพ fastq (สำหรับ .เท่านั้น -f = 'fastq') ค่าชดเชยคุณภาพใน FASTQ
ไฟล์. ค่าเริ่มต้น: 33 ค่า 0 พยายามรับรู้โดยอัตโนมัติ
-f
โหลดไฟล์โครงการประเภทนี้ โดยที่ fromtype คือ:
ลำดับคาเฟ่จากCAF
ลำดับ maf จาก MAF
ลำดับ phd จาก PHD
ลำดับ gbf จาก GBF
ลำดับ fasta จาก FASTA
ลำดับ fastq จาก FASTQ
-t
เขียนลำดับประเภทนี้ (กล่าวถึงหลายครั้งของ -t ได้รับอนุญาต):
ลำดับ fasta ถึง FASTA
ลำดับ fastq เป็น FASTQ
ลำดับ caf ถึง CAF
ลำดับ maf เป็น MAF
ชื่อลำดับ txt เป็นไฟล์ข้อความ
-k k-mer, ความยาวของเหยื่อในฐาน (<32, ค่าเริ่มต้น=31)
-n นาที. จำนวนเหยื่อ k-mer ที่ต้องการ (ค่าเริ่มต้น=1)
-i ตีผกผัน: เขียนเฉพาะลำดับที่ไม่ตีเหยื่อ
-r ไม่มีการตรวจสอบทิศทางการเติมเต็มย้อนกลับ
-o ออฟเซ็ตคุณภาพ fastq (สำหรับ .เท่านั้น -f = 'fastq') ค่าชดเชยคุณภาพใน FASTQ
ไฟล์. ค่าเริ่มต้น: 33 ค่า 0 พยายามรับรู้โดยอัตโนมัติ
ใช้ mirabit ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net