นี่คือคำสั่ง srf2fastq ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
srf2fastq - แปลงไฟล์ SRF เป็นรูปแบบ Sanger fastq
เรื่องย่อ
srf2fastq [ตัวเลือก] srf_archive ...
DESCRIPTION
srf2fastq แยกลำดับและคุณภาพจากไฟล์เก็บถาวร SRF หนึ่งรายการขึ้นไปและเขียนขึ้น
ในรูปแบบ Sanger fastq เป็น stdout
โปรดทราบว่า Illumina ยังมีรูปแบบ fastq (ใช้ในไดเร็กทอรี GERALD) ซึ่งแตกต่าง
เล็กน้อยในการใช้คะแนน log-odds สำหรับค่าคุณภาพ รูปแบบที่อธิบายไว้ที่นี่
กำลังใช้แบบดั้งเดิม เปรด รูปแบบของการเข้ารหัสที่มีคุณภาพ
OPTIONS
-c เอาต์พุตที่ปรับเทียบค่าความเชื่อมั่นโดยใช้ ZTR ซีเอ็นเอฟ1 ชนิดก้อนสำหรับเดี่ยว
คุณภาพต่อฐาน หากไม่มีสิ่งนี้ให้ใช้ Illumina . ดั้งเดิม _prb.txt ไฟล์ที่ประกอบด้วย
ของค่าคุณภาพสี่ค่าต่อฐาน เก็บไว้ใน ZTR ซีเอ็นเอฟ4 ชิ้น
-C ปิดบังลำดับที่แท็กว่ามีคุณภาพไม่ดี
-s ราก
สร้างไฟล์บนดิสก์ด้วยชื่อไฟล์ที่เริ่มต้น ราก, หนึ่งไฟล์ต่อการไม่โจ่งแจ้ง
ในกลุ่ม SRF/ZTR (REGN) โดยทั่วไปแล้วจะส่งผลให้เป็นสองไฟล์สำหรับ
วิ่งจบคู่ คำต่อท้ายชื่อไฟล์มาจากชื่อที่ระบุไว้ในภูมิภาค SRF
ชิ้น ตัวเลือกนี้ขัดแย้งกับ -S พารามิเตอร์.
-S แยกลำดับออกเป็นส่วนๆ แต่จะแสดงรายการแต่ละขอบเขตตามลำดับเป็น
stdout แทนที่จะแยกเป็นไฟล์แยกบนดิสก์ ตัวเลือกนี้ขัดแย้งกับ
-s พารามิเตอร์.
-n เมื่อใช้ -s คำต่อท้ายชื่อไฟล์จะเป็นตัวเลข (เริ่มต้นด้วย 1) แทน
ของการใช้ชื่อที่ระบุไว้ในส่วนภูมิภาค SRF
-a ผนวกดัชนีภูมิภาคต่อท้ายชื่อลำดับ นั่นคือสร้าง "name/1" และ "name/2" สำหรับ
อ่านคู่.
-e รวมลำดับที่ชัดเจน (ส่วนภูมิภาค ZTR ประเภท 'E') ในลำดับ
เอาท์พุท ลำดับที่ชัดเจนจะรวมอยู่ในบรรทัดคุณภาพด้วย ปัจจุบัน
นี้ถูกใช้โดย ABI SOLiD เพื่อเก็บฐานสุดท้ายของไพรเมอร์
-r ภูมิภาค รายการ
ย้อนกลับช่วยเสริมลำดับและกลับค่าคุณภาพสำหรับทุกภูมิภาคใน
ภูมิภาค รายการ. นี่คือรายการที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคของค่าจำนวนเต็มที่แจกแจงค่า
ภูมิภาค เริ่มตั้งแต่ 1 โปรดทราบว่าตัวเลือกนี้ใช้ได้เฉพาะเมื่อ -s or -S เป็น
ระบุไว้
ตัวอย่าง
เพื่อแยกเฉพาะลำดับคุณภาพดีจากไฟล์ srf ทั้งหมดในไดเร็กทอรีปัจจุบัน
โดยใช้ค่าความเชื่อมั่นที่สอบเทียบแล้ว (ถ้ามี)
srf2fastq -c -C *.srf > runX.fastq
หากต้องการแยกส่วนปลายที่จับคู่ให้รันเป็นสองไฟล์แยกกันโดยมีลำดับชื่อ พร้อมชื่อ/ 1 และ
พร้อมชื่อ/ 2
srf2fastq -s runX -a -n runX.srf
ในการแยกการสิ้นสุดที่จับคู่เป็นไฟล์เดียว สลับลำดับไปข้างหน้าและย้อนกลับ
ด้วยการอ่านครั้งที่สองถูกเสริมกลับด้าน
srf2fastq -S -r 2 runX.srf > runX.fastq
ใช้ srf2fastq ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net