นี่คือคำสั่ง tigr-glimer3 ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
tigr-glimer — ค้นหา/ให้คะแนนยีนที่มีศักยภาพในไฟล์จีโนมโดยใช้แบบจำลองความน่าจะเป็นใน
icm-ไฟล์
เรื่องย่อ
tigr-glimer3 [ไฟล์จีโนม] [icm-ไฟล์] [[ตัวเลือก]]
DESCRIPTION
เสือ-ริบหรี่ เป็นระบบในการค้นหายีนใน DNA ของจุลินทรีย์ โดยเฉพาะจีโนมของ
แบคทีเรียและอาร์เคีย เสือ-ริบหรี่ (Gene Locator และ Interpolated Markov Modeler) ใช้
แบบจำลอง Markov แบบสอดแทรก (IMM) เพื่อระบุขอบเขตการเข้ารหัสและแยกแยะออกจาก
ดีเอ็นเอที่ไม่เข้ารหัส แนวทาง IMM ที่อธิบายไว้ในรายงานการวิจัยกรดนิวคลีอิกเรื่อง เสือ-
ริบหรี่ 1.0 และในบทความต่อไปของเราใน เสือ-ริบหรี่ 2.0 ใช้การผสมผสานของ Markov
แบบจำลองจากลำดับที่ 1 ถึงลำดับที่ 8 โดยให้น้ำหนักแต่ละรุ่นตามกำลังการทำนาย
เสือ-ริบหรี่ 1.0 และ 2.0 ใช้โมเดล Markov ที่ไม่เป็นเนื้อเดียวกัน 3 ระยะใน IMM
เสือ-ริบหรี่ เป็นโปรแกรมค้นหายีนจุลินทรีย์หลักที่ TIGR และถูกนำมาใช้เพื่ออธิบาย
จีโนมที่สมบูรณ์ของ B. burgdorferi (Fraser et al., Nature, Dec. 1997), T. pallidum
(Fraser et al., Science, กรกฎาคม 1998), T. maritima, D. radiodurans, M. tuberculosis และ
โครงการที่ไม่ใช่ TIGR ได้แก่ C. trachomatis, C. pneumoniae และอื่นๆ การวิเคราะห์ของ
จีโนมเหล่านี้บางส่วนและอื่น ๆ มีอยู่ในไซต์ฐานข้อมูลจุลินทรีย์ TIGR
รุ่นพิเศษของ เสือ-ริบหรี่ ออกแบบมาสำหรับยูคาริโอตขนาดเล็ก GlimmerM ถูกนำมาใช้เพื่อ
ค้นหายีนในโครโมโซม 2 ของปรสิตมาลาเรีย P. falciparum.. GlimmerM คือ
อธิบายไว้ใน SL Salzberg, M. Pertea, AL Delcher, MJ Gardner และ H. Tettelin
"แบบจำลอง Markov แบบสอดแทรกสำหรับการค้นหายีนยูคาริโอต" Genomics 59 (1999), 24-31
คลิกที่นี่ (http://www.tigr.org/software/glimmerm/) เพื่อเยี่ยมชมเว็บไซต์ GlimmerM ซึ่ง
รวมถึงข้อมูลเกี่ยวกับวิธีการดาวน์โหลดระบบ GlimmerM
การขอ เสือ-ริบหรี่ ระบบประกอบด้วยสองโปรแกรมหลัก อย่างแรกคือการฝึก
โปรแกรม build-imm. โปรแกรมนี้ใช้ชุดอินพุตของลำดับและการสร้างและเอาต์พุต
IMM สำหรับพวกเขา ลำดับเหล่านี้อาจเป็นยีนที่สมบูรณ์หรือเพียงแค่บางส่วนเท่านั้น สำหรับใหม่
จีโนม ข้อมูลการฝึกอบรมนี้สามารถประกอบด้วยยีนเหล่านั้นที่มีฐานข้อมูลที่แข็งแกร่งเช่นเดียวกับ
กรอบการอ่านแบบเปิดที่ยาวมากซึ่งในสถิติเกือบจะแน่นอนว่าเป็นยีน NS
โปรแกรมที่สองคือ glimmer ซึ่งใช้ IMM นี้เพื่อระบุยีนสมมุติในทั้งหมด
จีโนม เสือ-ริบหรี่ แก้ไขข้อขัดแย้งระหว่างยีนที่ทับซ้อนกันมากที่สุดโดยอัตโนมัติโดย
เลือกหนึ่งในนั้น นอกจากนี้ยังระบุยีนที่สงสัยว่าจะทับซ้อนกันอย่างแท้จริงและ
ตั้งค่าสถานะเหล่านี้เพื่อการตรวจสอบอย่างใกล้ชิดโดยผู้ใช้ ผู้สมัครยีน ``ผู้ต้องสงสัย' เหล่านี้ได้รับ
เปอร์เซ็นต์ที่น้อยมากของจำนวนทั้งหมดสำหรับจีโนมทั้งหมดที่วิเคราะห์จนถึงขณะนี้ เสือ-ริบหรี่
เป็นโปรแกรมที่...
OPTIONS
-C n ใช้ n เป็นเปอร์เซ็นต์ GC ของแบบจำลองอิสระ
หมายเหตุ: n ควรเป็นเปอร์เซ็นต์ เช่น -C 45.2
-f ใช้พลังงานที่จับกับไรโบโซมเพื่อเลือก codon เริ่มต้น
+f ใช้ codon ตัวแรกใน orf เป็น start codon
-g n ตั้งค่าความยาวยีนขั้นต่ำเป็น n
-i ชื่อไฟล์
ใช้ ชื่อไฟล์ ไปยัง เลือก ภูมิภาค of ฐาน ที่ เป็น ปิด ขีด จำกัด so ที่ ไม่ ฐาน
ภายใน ที่ พื้นที่ จะ be การตรวจสอบ
-l สมมติว่าจีโนมเชิงเส้นมากกว่าจีโนมวงกลม กล่าวคือ ไม่มีพันรอบ
-L ชื่อไฟล์
ใช้ชื่อไฟล์เพื่อระบุรายชื่อ orfs ที่ควรแยกเป็นคะแนน โดยไม่มี
กฎที่ทับซ้อนกัน
-M อินพุตเป็นไฟล์ multifasta ของยีนที่แยกจากกันเพื่อทำคะแนนแยกกัน โดยไม่มี
กฎที่ทับซ้อนกัน
-o n ตั้งค่าความยาวทับซ้อนขั้นต่ำเป็น n คาบเกี่ยวกันที่สั้นกว่านี้จะถูกละเว้น
-p n ตั้งค่าเปอร์เซ็นต์การทับซ้อนขั้นต่ำเป็น n% ทับซ้อนกันสั้นกว่าเปอร์เซ็นต์นี้ของ
*ทั้งสอง* สตริงจะถูกละเว้น
-q n กำหนดความยาวสูงสุดที่สามารถปฏิเสธได้เนื่องจากอิสระ
คอลัมน์คะแนนความน่าจะเป็นเป็น (n - 1)
-r อย่าใช้คอลัมน์คะแนนความน่าจะเป็นอิสระ
+r ใช้คอลัมน์คะแนนความน่าจะเป็นอิสระ
-r อย่าใช้คอลัมน์คะแนนความน่าจะเป็นอิสระ
-s s ใช้สตริง s เป็นรูปแบบการจับไรโบโซมเพื่อค้นหา codon เริ่มต้น
+S ใช้โมเดล intergenic อิสระที่เข้มงวดกว่าซึ่งไม่ให้ความน่าจะเป็น
โคดอนหยุดในเฟรม (ตัวเลือกล้าสมัยเนื่องจากตอนนี้เป็นพฤติกรรมเดียว
-t n กำหนดเกณฑ์คะแนนสำหรับการโทรเป็นยีนเป็น n หากคะแนนในเฟรม >= n แล้ว
ภูมิภาคจะได้รับตัวเลขและถือเป็นยีนที่มีศักยภาพ
-w n ใช้คะแนนที่ "อ่อนแอ" กับยีนที่ไม่แน่นอน n หรือนานกว่านั้น คะแนนที่อ่อนแอไม่สนใจ
คะแนนความน่าจะเป็นอิสระ
ใช้ tigr-glimer3 ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
