เอ็กซ์คริสเดน

โครงการ:

ชื่อ

xcrysden - วิชวลไลเซอร์โครงสร้างผลึกและโมเลกุล

เรื่องย่อ

เอ็กซ์คริสเดน [ตัวเลือกพิเศษ]
เอ็กซ์คริสเดน [ตัวเลือกพิเศษ] รูปแบบ-ตัวเลือก ไฟล์|ไดเรกทอรี

DESCRIPTION

XCrySDen เป็นโปรแกรมสร้างภาพโครงสร้างผลึกและโมเลกุลซึ่งมีจุดมุ่งหมายที่
แสดง isosurfaces และ contours ซึ่งสามารถซ้อนทับบนโครงสร้างผลึกได้
และมีการหมุนเวียนและจัดการแบบโต้ตอบ

พิเศษ OPTIONS

-h
--ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือ

-v
--รุ่น
แสดงข้อมูลเวอร์ชันของโปรแกรม

-u id
--ใช้ id
โหลด XCrySDen ที่ฝังลงในหน้าต่างคอนเทนเนอร์ด้วย window-ID=id.

-r สลัว
--ลดขนาด สลัว
ลดขนาดไฟล์ XSF เป็นระยะเป็น สลัว. ต้องระบุก่อน --xsf ตัวเลือก
เช่น, เอ็กซ์คริสเดน -r 2 --xsf ไฟล์.

-c ไฟล์
--กำหนดเอง ไฟล์
โหลดคำจำกัดความที่กำหนดเองจากไฟล์ที่ระบุ (ไวยากรณ์คือของ
~/.xcrysden/กำหนดนิยามเอง).

-a ไฟล์
--คุณลักษณะ ไฟล์
โหลดแอตทริบิวต์จากไฟล์ รูปแบบของไฟล์แอตทริบิวต์มีดังต่อไปนี้:

องค์ประกอบสี
อะตอม-number1 red1 blue1 green1
อะตอม-number2 red2 blue2 green2
...
ธาตุ
อะตอม-number1 รัศมี1
อะตอม-number2 รัศมี2
...

-l ไฟล์
--ไฟ ไฟล์
โหลดพารามิเตอร์ไฟจากไฟล์ที่จัดรูปแบบไฟของ XCrySDen

FORMAT OPTIONS

--xsf ไฟล์
โหลดโครงสร้างจากไฟล์รูปแบบ XCrySDen's-Structure-File (XSF)

--animxsf ไฟล์
--axsf ไฟล์
โหลด structres จากไฟล์ที่จัดรูปแบบ Animated-XCrySDen's-Structure-File (AXSF)

--bxsf ไฟล์
โหลดแบนด์จากไฟล์ BXSF (Band-XSF) และแสดงภาพ Fermi Surface

--xmol ไฟล์
--xyz ไฟล์
โหลดโครงสร้างจากไฟล์ที่จัดรูปแบบ XYZ

--pdb ไฟล์
โหลดโครงสร้างจากไฟล์ที่จัดรูปแบบ PDB

--gzmat ไฟล์
โครงสร้างโหลดจาก Gaussian Z-matrix (ต้องใช้โปรแกรม Open-Babel)

--gaussian_out ไฟล์
--gxx_out ไฟล์
--g98_out ไฟล์
โครงสร้างการโหลดจากไฟล์เอาต์พุตแบบเกาส์เซียน การคำนวณจุดเดียวและ
รองรับการเรียกใช้การเพิ่มประสิทธิภาพแล้ว สำหรับการเรียกใช้การเพิ่มประสิทธิภาพ สามารถทำได้
แสดงโครงสร้างทั้งหมดที่ผลิตขึ้นในระหว่างการวิ่ง

--ลูกบาศก์ ไฟล์
--gXX_cube ไฟล์
--g98_cube ไฟล์
โหลดโครงสร้างจากไฟล์คิวบ์แบบเกาส์เซียน ไฟล์คิวบ์ควรสร้างด้วย
Cube=ตัวเลือกการ์ด รองรับเฉพาะไฟล์สเกลาร์คิวบ์ นั่นคือ Cube=(Cards,Density)
หรือ Cube=(ไพ่, Orbitals) หรือ Cube=(ไพ่, ศักยภาพ). อ้างถึงคู่มือ GAUSSIAN สำหรับ
ความหมายของคีย์เวิร์ดนี้

--crystal_inp ไฟล์
โครงสร้างโหลดจากคริสตัล (http://http//www.crystal.unito.it/) ไฟล์อินพุต

--crystal_f9 ไฟล์
โครงสร้างโหลดจากคริสตัล (http://http//www.crystal.unito.it/) ฟอร์ทราน ยูนิต 9

--wien_struct หัวไฟล์|ไฟล์|ไดเรกทอรี
โครงสร้างโหลดจาก WIEN2k (http://www.wien2k.at/) struct-file โดยที่:

หัวไฟล์ = ชื่อของไฟล์ struct ที่ไม่มี .struct ส่วนขยาย,
ไฟล์ = ชื่อไฟล์
ไดเรกทอรี = ชื่อของไดเร็กทอรีเคส

--wien_kpath ไดเรกทอรี|โครงสร้างไฟล์
อ่าน โครงสร้าง ไฟล์และแสดงโซน Brillouin แรกด้วย k-point พิเศษ K-path สามารถ
เลือกแบบโต้ตอบโดยการคลิกเมาส์ที่จุด k พิเศษ ผู้ใช้ต้องระบุ อีมิน
และ EMAX พลังงานและจำนวน k-point ตลอดเส้นทาง ตัวเลขนี้เป็นเพียง
การประมาณจำนวน k-points ทั้งหมด เนื่องจาก XCrySDen พยายามทำให้มีความสม่ำเสมอมาก
การสุ่มตัวอย่าง k-points ตามเส้นทาง (อย่าระบุ WIEN2k จำนวนสูงสุดที่อนุญาตของ k-
คะแนน เนื่องจาก XCrySDen อาจสร้างคะแนนได้อีกเล็กน้อย)

--wien_renderdensity ไดเรกทอรี
อ่าน โครงสร้าง, เอาท์พุตและ โร ไฟล์และแสดงผลโครงสร้างผลึกและคำนวณล่วงหน้า
ความหนาแน่นของประจุ

--wien_density ไดเรกทอรี
ภูมิภาค 2D หรือ 3D สำหรับการคำนวณความหนาแน่นของประจุจะถูกเลือกแบบโต้ตอบโดย
การคลิกเมาส์ XCrySDen สร้าง in5 ไฟล์คำนวณและแสดงผลความหนาแน่นของประจุ
ไม่ว่าจะเป็นไอโซลีน/ระนาบสี (2D) หรือไอโซพื้นผิว (3D)

--wien_fermisurface ไดเรกทอรี
ป๊อปอัปหน้าต่างงานสำหรับการสร้างพื้นผิว Fermi หลังจากผ่านไปหลายขั้นตอน Fermi
พื้นผิว (หวังว่า) จะถูกวาดเป็น 3D isosurface

--fhi_inpini ไฟล์
โครงสร้างโหลดจาก FHI98MD inp.ini ไฟล์ที่จัดรูปแบบ

--fhi_coord ไฟล์
โครงสร้างโหลดจาก FHI98MD ประสานงานออก ไฟล์ที่จัดรูปแบบ

--ปวี
--pw_inp ไฟล์
โครงสร้างโหลดจาก pw.x อินพุต ไฟล์ pw.x เป็นโปรแกรมระนาบระนาบเทียมของ
การกระจายควอนตัมเอสเพรสโซ่ (http://www.quantum-espresso.org/).

--ปวอ
--pw_out ไฟล์
โครงสร้างโหลดจาก pw.x เอาท์พุต ไฟล์ pw.x เป็นโปรแกรมระนาบระนาบเทียมของ
การกระจายควอนตัมเอสเพรสโซ่ (http://www.quantum-espresso.org/).

-s ต้นฉบับ
--สคริปต์ ต้นฉบับ
โหลดสคริปต์จากไฟล์ที่มีสคริปต์ Tcl

ใช้ xcrysden ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net