นี่คือแอป Linux ชื่อ MethyMer ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรุ่นล่าสุดได้ในชื่อ MethyMer.plus.DB.v.1.1.tar.gz สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ MethyMer พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
ภาพหน้าจอ:
เมธีเมอร์
รายละเอียด:
MethyMer เป็นเครื่องมือที่ใช้ Python ซึ่งมุ่งเป้าไปที่การเลือกไพรเมอร์เฉพาะสำหรับการขยายหมู่เกาะ CpG ทั้งหมด บริเวณเหล่านี้ยากในแง่ของการเลือกไพรเมอร์ที่เหมาะสมเนื่องจากความซับซ้อนต่ำ, polyN-, CG-richness เป็นต้น
MethyMer มีระบบการให้คะแนนที่ยืดหยุ่นซึ่งสามารถเลือกไพรเมอร์ในบริเวณที่มีปัญหาได้ (เช่น เกาะ SpG) และรวมถึงการทดสอบความจำเพาะ
นอกจากนี้ยังรวมข้อมูล TCGA CpG methylation (microarrays) และการแสดงออกของยีน (RNA-Seq) รวมถึงผลการวิเคราะห์สหสัมพันธ์ของ methylation-expression สำหรับมะเร็งในมนุษย์ 20 ชนิด
ข้อมูลคำอธิบายประกอบของภูมิภาคจีโนมของ ENCODE ยังถูกรวมเข้ากับ MethyMer
คุณสมบัติ
- การเลือกชุดค่าผสมของไพรเมอร์คู่ที่สามารถขยายเกาะ CpG ที่สมบูรณ์หรือบริเวณจีโนมเป้าหมายอื่นๆ
- ระบบการให้คะแนนที่ยืดหยุ่นและปรับแต่งได้
- การทดสอบความจำเพาะ
- ข้อมูลเมทิลเลชัน CpG แบบบูรณาการ (ไมโครอาร์เรย์ Illumina Infinium Human Methylation 450K) สำหรับเนื้องอก 20 ชนิด ซึ่งได้มาจาก TCGA
- บูรณาการ TCGA RNA-Seq – ข้อมูลการศึกษาความสัมพันธ์ของเมทิลเลชั่น CpG
- การสร้างภาพ: พล็อตเนื้อหา CG, พล็อตคะแนน, พล็อตความจำเพาะของไพรเมอร์, คำอธิบายประกอบจีโนม ENCODE, ข้อมูล TCGA
ส่วนติดต่อผู้ใช้
คอนโซล/เทอร์มินัล
ภาษาโปรแกรม
หลาม
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/methymer/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา