นี่คือแอป Linux ชื่อ rRNAFinder ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น rRNAFinder-v1.1.1.zip สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ rRNAFinder พร้อม OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
rRNAFinder
รายละเอียด:
rRNAFinder เป็นชุดซอฟต์แวร์ Perl ขนาดเล็ก ซึ่งสามารถใช้เพื่อทำนายและจำแนกยีน RNA ของไรโบโซมโดยอัตโนมัติโดยใช้จีโนม/เมตาโนมที่รวมกันเป็นอินพุต ซอฟต์แวร์ได้รับการทดสอบบนระบบปฏิบัติการ Linux เท่านั้น
โปรแกรม "rRNAFinder.pl" ที่รวมอยู่ในแพ็คเกจใช้โปรแกรม nhmmer ค้นหากับฐานข้อมูล arc.hmm, bac.hmm และ euk.hmm เพื่อระบุยีน rRNA จากกลุ่มอินพุต ยีน rRNA ที่ระบุล่วงหน้าประกอบด้วยยีน 16S, 18S, 23S, 28S, 5S และ 5.8S rRNA
โปรแกรม "rna2taxon.pl" ยอมรับลำดับยีน rRNA รูปแบบ fasta ที่สร้างขึ้นด้านบนเป็นอินพุตเพื่อสร้างการกำหนดอนุกรมวิธานสำหรับยีนอินพุต ลำดับยีน rRNA อินพุตจะถูกค้นหาเทียบกับฐานข้อมูล SILVA SSU และ LSU ที่ดาวน์โหลดและฟอร์แมตใหม่โดยใช้ blastn
โปรดดูไฟล์ README.md จากที่เก็บ rRNAFinder GitHub ซึ่งอยู่ที่ https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder สำหรับคำแนะนำในการกำหนดค่าและใช้งาน rRNAFinder
คุณสมบัติ
- ทำนายยีน rRNA (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA ยีน)
- การกำหนดอนุกรมวิธานของยีน rRNA ที่คาดการณ์ไว้โดยใช้การค้นหาแบบ blastn กับฐานข้อมูล SILVA SSU และ LSU
- รวดเร็วและสามารถใช้ซีพียูหลายเธรดได้
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ส่วนติดต่อผู้ใช้
บรรทัดคำสั่ง
หมวดหมู่
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา