Ito ang command autodocktools na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
adt - AutoDockTools, isang graphical na front-end para sa AutoDock
SINOPSIS
runAdt [pagpipilian]
DESCRIPTION
Ang manual page na ito ay halos literal na pagsasalin ng output na ibinigay ni runAdt -h
utos.
Opsyon
Ang isang buod ng mga opsyon ay kasama sa ibaba. Para sa kumpletong paglalarawan, sumangguni sa
mga tutorial at dokumentasyon na available online.
-h, - Tumulong
Ipakita ang buod ng mga opsyon.
-a or --muli
i-play muli ang lastlog file
--overwriteLog
i-overwrite ang log file
--uniqueLog
lumikha ng isang log file na may natatanging pangalan
--noLog
patayin ang pag-log
--walangSplash
i-off ang Splash Screen
--mamatay huwag simulan ang GUI event loop
--customizer file
patakbuhin ang file na tinukoy ng user
--lib Pangalan ng package
magdagdag ng mga aklatan ng mga utos
-v r, --pangitain tumakbo
magpatakbo ng mga vision network sa command line
-v o, --pangitain minsan
magpatakbo ng mga network ng paningin at lumabas sa ADT
-d or --dmode mode
tumukoy ng display mode
Ang mga mode ay maaaring maging anumang kumbinasyon ng display mode
'cpk' : cpk
'linya': mga linya
'ss' : pangalawang structure ribbon
'sb' : patpat at bola
'lic' : licorice
'ms' : molecular surface
'ca' : C-alpha trace
'bt' : backbone trace
'sp' : CA-spline
'sssb' : pangalawang istraktura para sa mga protina, stick at bola para sa
ibang residues na may bonds lines para sa ibang residues na walang bonds
-c or --cmode mode
tumukoy ng scheme ng kulay ng dispaly mode:
'ca' : kulay ayon sa atom
'cr' : kulay ayon sa nalalabi (RASMOL scheme)
'cc' : kulay ayon sa kadena
'cm' : kulay ayon sa molekula
'cdg': kulay gamit ang scheme ni David Goodsell
'cs' : mga natitirang kulay gamit ang Shapely scheme
'css': kulay ayon sa pangalawang elemento ng istraktura
HALIMBAWA:
ipakita ang protina bilang ribbon, hindi protina bilang mga stick at bola at kulay ayon sa uri ng atom
adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb
Gumamit ng autodocktools online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net