Ito ang command na ClonalFrame na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
ClonalFrame - inference ng bacterial microevolution gamit ang multilocus sequence data
SINOPSIS
ClonalFrame [OPSYON] inputfile outputfile
DESCRIPTION
Tinutukoy ng ClonalFrame ang mga clonal na relasyon sa pagitan ng mga miyembro ng isang sample, habang
tinatantya din ang chromosomal na posisyon ng mga homologous recombination na kaganapan na mayroon
ginulo ang clonal inheritance.
Pagpipilian:
-x NUM Itinatakda ang bilang ng mga pag-ulit pagkatapos ng burn-in (ang default ay 50000)
-y NUM Itinatakda ang bilang ng mga burn-in na iteration (default ay 50000)
-z NUM Itinatakda ang bilang ng mga pag-ulit sa pagitan ng mga sample (default ay 100)
-e NUM Itinatakda ang bilang ng mga paglipat ng branch-swapping sa bawat pag-ulit (default ay para sa kalahati ng
ang oras ay ginugol sa pagpapalit ng sangay)
-m NUM Itinatakda ang paunang halaga ng theta sa NUM (default ay Watterson estimate)
-d NUM Itinatakda ang paunang halaga ng delta sa NUM (default ay 0.001)
-n NUM Itinatakda ang paunang halaga ng nu sa NUM (default ay 0.01)
-r NUM Itinatakda ang paunang halaga ng R sa NUM (default ay inisyal na theta/10)
-M I-update ang halaga ng theta
-D Huwag i-update ang halaga ng delta
-N Huwag i-update ang halaga ng nu
-R Huwag i-update ang halaga ng R
-T Huwag i-update ang topology
-A Huwag i-update ang edad ng mga node
-G Alisin ang lahat ng puwang
-H Alisin ang lahat ng mga puwang sa mga hindi polymorphic na posisyon
-t NUM Ipahiwatig kung aling unang puno ang gagamitin: 0 para sa isang null tree, 1 para sa isang pare-parehong napili
coalescent tree at 2 para sa UPGMA tree (default)
-w FILE
Gamitin ang Newick file para sa paunang puno
-a NUM Itinatakda ang unang parameter ng beta prior distribution ng nu
-b NUM Itinatakda ang pangalawang parameter ng beta prior distribution ng nu
-U Gumamit ng unipormeng priors para sa rho, theta at delta
-B Patakbuhin sa BURST mode
-C Patakbuhin sa UPGMA mode gamit ang isang site-by-site na pamamaraan ng bootstrap
-c Patakbuhin sa UPGMA mode na may fragment-by-fragment na pamamaraan ng bootstrap
-S NUM Itinatakda ang seed para sa random number generator sa NUM
-E NUM Itinatakda ang rate ng exponential growth (default ay 0)
-I Binabalewala ang unang block sa alignment
-L Linisin ang pagkakahanay bago patakbuhin ang ClonalFrame
-l Minimum na distansya sa pagitan ng dalawang reference na site (default ay 50)
-v Verbose mode
Gamitin ang ClonalFrame online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net