cmtk-convertx - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

convertx - Mag-convert sa pagitan ng mga format ng file ng imahe at mga uri ng data.

SINOPSIS

convertx [mga opsyon] infile outfile

DESCRIPTION

Ang tool na ito ay nagko-convert sa pagitan ng mga format ng file ng imahe at mga uri ng data ng pixel. Maaari din itong mag-apply
simple, pangkalahatang layunin na mga pagpapatakbo ng imahe sa proseso. Isang arbitrary na bilang ng mga operasyon
maaaring tukuyin sa command line, na ilalapat nang eksakto sa pagkakasunud-sunod na ibinigay.

Opsyon

Global Toolkit Options (ito ay Nagbahagi by lahat CMTK kasangkapan)
- Tumulong
Sumulat ng listahan ng mga pangunahing opsyon sa command line sa karaniwang output.

--tulong-lahat
Sumulat ng kumpletong listahan ng basic at advanced na mga opsyon sa command line sa karaniwang output.

--wiki
Isulat ang listahan ng mga opsyon sa command line sa karaniwang output sa MediaWiki markup.

--lalaki
Isulat ang man page source sa 'nroff' markup sa karaniwang output.

--bersyon
Isulat ang bersyon ng toolkit sa karaniwang output.

--echo
Isulat ang kasalukuyang command line sa karaniwang output.

--verbose-level
Itakda ang antas ng verbosity.

--verbose, -v
Dagdagan ang antas ng verbosity ng 1 (hindi na ginagamit; suportado para sa backward compatibility).

--mga thread
Itakda ang maximum na bilang ng mga parallel na thread (para sa POSIX thread at OpenMP).

Larawan/Pagbabago Database
--db
Path sa database ng imahe/pagbabagong-anyo na dapat i-update sa bagong likha
larawan. [Default: WALA]

input Imahen Mga Control na
--set-padding
Itakda ang halaga ng padding: lahat ng mga pixel sa input na imahe na may ganitong halaga ay hindi papansinin
sa lahat ng kasunod na operasyon.

--unset-padding
I-unset ang value ng padding: para sa lahat ng kasunod na operasyon, lahat ng pixel ay ituturing
ayon sa kanilang halaga.

--mga label
Tukuyin na ang mga halaga ng larawan ay ituring bilang mga discrete na label. Magreresulta ito
sa naaangkop na intent code na itatakda sa mga output file sa NIfTI na format.

--kulay-abo
Tukuyin na ang mga halaga ng imahe ay dapat ituring bilang tuloy-tuloy na mga antas ng kulay-abo. Ito ay
i-reset ang intent code sa mga file na binasa mula sa NIfTI na format.

data uri Conversion
--char
8 bits, naka-sign integer

--byte
8 bits, unsigned integer

--maikli
16 bits, naka-sign integer

--ushort
16 bits, unsigned integer

--int
32 bits sign integer

--uint
32 bits unsigned integer

--lumutang
32 bits na lumulutang na punto

--doble
64 bits na lumulutang na punto

halaga Mga pagmamapa
--map-values
Ilapat ang pagpapaandar ng pagmamapa sa mga halaga ng pixel. Ang pagmamapa ay tinukoy bilang
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' para imapa ang mga value na VAL0, VAL1, atbp. sa bagong value na NEWVAL. Kung
Ang NEWVAL ay hindi ibinigay, ang mga halaga ay nakatakda sa padding.

--map-values-lamang
Ilapat ang pag-andar ng pagmamapa sa mga halaga ng pixel at palitan ng padding ang mga hindi naka-map na pixel.
Maaaring pagsamahin ang maramihang mga panuntunan sa pagmamapa bilang RULE0+RULE1[+...]; lahat
magkakasabay na ilalapat ang mga panuntunang pinagsama-sama. Ang pagmamapa ay tinukoy bilang
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' para imapa ang mga value na VAL0, VAL1, atbp. sa bagong value na NEWVAL. Kung
Ang NEWVAL ay hindi ibinigay, ang mga halaga ay nakatakda sa padding. Maramihang mga panuntunan sa pagmamapa ay maaaring
pinagsama-sama bilang RULE0+RULE1[+...]; lahat ng pinagsama-samang panuntunan ay ilalapat
sabay-sabay.

--palitan-padding
Palitan ang padded pixel data ng ibinigay na halaga.

--palitan-inf-nan
Palitan ang lahat ng infinite at not-a-number pixel na may ibinigay na value.

Imahen Pag-flip
--flip-x
I-flip (salamin) kasama ang x-direction

--flip-y
I-flip (salamin) kasama ang y-direksyon

--flip-z
I-flip (salamin) kasama ang z-direksyon

Imahen masking at Thresholding
--maskara
Binary mask file name: alisin ang lahat ng pixel ng imahe kung saan ang mask ay 0. Masked-out na mga pixel
HINDI itatakda sa zero, ngunit sa halip ay papalitan ng kasalukuyang nakatakdang padding
halaga. Gamitin ang '--set-padding 0' bago ang '--mask' para pilitin ang setting sa zero.

--mask-kabaligtaran
Inverse binary mask file name ay tinanggal ang lahat ng mga pixel ng imahe kung saan ang mask ay HINDI 0. Tingnan
mga tala din tungkol sa padding sa ilalim ng '--mask' sa itaas.

--giikin-sa ibaba
Itakda ang lahat ng mga halaga sa ibaba ng threshold sa halaga ng threshold.

--giik-sa itaas
Itakda ang lahat ng value sa itaas ng threshold sa threshold value.

--thresh-below-to-padding
Itakda ang lahat ng value sa ibaba ng threshold sa padding value.

--thresh-above-to-padding
Itakda ang lahat ng value sa itaas ng threshold sa padding value.

--binarize-thresh
Itakda ang lahat ng value sa ibaba ng threshold sa 0, lahat ng value ay katumbas o mas mataas sa 1.

--otsu-thresh
Binarize ang imahe sa 0/1 gamit ang threshold na nakalkula gamit ang pamamaraan ni Otsu. Ang argumento ay numero
ng histogram bins para sa threshold computation.

--otsu-thresh-nbins
Binarization gamit ang paraan ni Otsu na may tinukoy na user na bilang ng histogram bins para sa
pagkalkula ng threshold.

--prun-histogram
Threshold na imahe sa pamamagitan ng 'intensity histogram pruning', ibig sabihin, para sa ibinigay na argumento n
Tinutukoy ng [histogram bins] ang mga threshold na ang 1/n-th fraction ng pinakamataas at
ang pinakamababang voxel ay may threshold.

--prun-histogram-mataas
Tulad ng '--prune-histograms', ngunit alisin lamang ang mataas na intensity.

--prune-histogram-mababa
Tulad ng '--prune-histograms', ngunit alisin lamang ang mababang intensity.

iting Transformations
--scale-to-range
I-scale ang mga intensity ng imahe sa hanay na 'from:to', hal, '0:255' bago ang conversion sa byte
data.

--histogram-equalization
Ilapat ang histogram equalization.

--histogram-equalization-nbins
Ilapat ang histogram equalization sa bilang ng mga basurahan.

--match-histograms
Baguhin ang mga intensity upang tumugma sa distribusyon sa larawang ibinigay bilang argumento
para sa utos na ito.

--match-mean-sdev
I-scale ang mga intensity upang tumugma sa mean at standard distribution ng mga intensity sa
larawang ibinigay bilang argumento para sa utos na ito.

Morpolohiya Mga Operasyon
--ibalik
Ibalik ang isang binary mask, ibig sabihin, makipagpalitan ng foreground at background.

--maagnas
Morphological erosion operator (sa pamamagitan ng pixels)

--dilate
Morphological dilation operator (sa pamamagitan ng pixels)

--nagguho-distansya
Morphological erosion operator (ayon sa distansya). Kadalasang mas mainam para sa anisotropic data.

--erode-distance-multilabel
Morphological erosion operator (by distance) para sa mga multi-label na mapa. Ang magiging resulta
alinman sa byte, unsigned short, o unsigned int data, depende sa index ng
pinakamalaking ginamit na label sa input.

--dilate-distansya
Morphological dilation operator (ayon sa distansya). Kadalasang mas mainam para sa anisotropic
data.

--nakakonekta-mga bahagi
Lumikha ng mga konektadong bahagi na mapa na may mga rehiyon na binibilang sa pamamagitan ng pagpapababa ng laki ng bahagi

--boundary-map
Gumawa ng boundary map

--multi-boundary-map
Gumawa ng multi-valued na boundary map

--distansya-mapa
Compute unsigned Euclidean distance map. Ang input na imahe ay binibigyang kahulugan bilang binary mask.

--sign-distance-map
Compute signed (sa loob=negatibo, labas=positibo) Euclidean distance map

Filter Mga Operasyon
--median-filter
Median na filter. Kinukuha ng operasyong ito ang radius ng filter sa mga pixel bilang parameter. A
ang single integer ay tumutukoy sa kernel radius sa lahat ng tatlong dimensyon. tatlong kuwit-
ang mga hiwalay na integer ay tumutukoy sa hiwalay na radii para sa tatlong dimensyon.

--mean-filter
Panrehiyong ibig sabihin ng filter. Kinukuha ng operasyong ito ang radius ng filter sa mga pixel bilang ang
parameter. Ang isang solong integer ay tumutukoy sa kernel radius sa lahat ng tatlong dimensyon. Tatlo
Tinutukoy ng mga integer na pinaghihiwalay ng kuwit ang magkahiwalay na radii para sa tatlong dimensyon.

--fast-mean-filter
Panrehiyong mean na filter (mabilis, linear na pagpapatupad ng oras). Ang operasyong ito ay tumatagal ng
radius ng filter sa mga pixel bilang parameter. Ang isang solong integer ay tumutukoy sa kernel radius
sa lahat ng tatlong dimensyon. Tatlong comma-separated integer ang tumutukoy sa magkahiwalay na radii para sa
tatlong dimensyon.

--variance-filter
Panrehiyong variance filter. Kinukuha ng operasyong ito ang radius ng filter sa mga pixel bilang ang
parameter. Ang isang solong integer ay tumutukoy sa kernel radius sa lahat ng tatlong dimensyon. Tatlo
Tinutukoy ng mga integer na pinaghihiwalay ng kuwit ang magkahiwalay na radii para sa tatlong dimensyon.

--fast-variance-filter
Mabilis (linear-time) regional variance filter. Ang operasyong ito ay tumatagal ng filter radius
sa mga pixel bilang parameter. Ang isang solong integer ay tumutukoy sa kernel radius sa lahat ng tatlo
mga sukat. Tinutukoy ng tatlong comma-separated integer ang hiwalay na radii para sa tatlo
mga sukat.

--third-moment-filter
Panrehiyong pangatlong sandali na filter. Kinukuha ng operasyong ito ang radius ng filter sa mga pixel bilang ang
parameter. Ang isang solong integer ay tumutukoy sa kernel radius sa lahat ng tatlong dimensyon. Tatlo
Tinutukoy ng mga integer na pinaghihiwalay ng kuwit ang magkahiwalay na radii para sa tatlong dimensyon.

--standard-deviation-filter
Panrehiyong standard deviation filter. Kinukuha ng operasyong ito ang radius ng filter sa mga pixel
bilang parameter. Ang isang solong integer ay tumutukoy sa kernel radius sa lahat ng tatlong dimensyon.
Tinutukoy ng tatlong comma-separated integer ang magkahiwalay na radii para sa tatlong dimensyon.

--kinis-filter
Panrehiyong 'smoothness' na filter. Kinukuha ng operasyong ito ang radius ng filter sa mga pixel bilang ang
parameter. Ang isang solong integer ay tumutukoy sa kernel radius sa lahat ng tatlong dimensyon. Tatlo
Tinutukoy ng mga integer na pinaghihiwalay ng kuwit ang magkahiwalay na radii para sa tatlong dimensyon.

--gaussian-filter-sigma
I-filter ang larawan gamit ang Gaussian kernel. Ang operasyong ito ay tumatagal ng isang tunay na halaga
parameter, na tumutukoy sa kernel coefficient sigma sa mga unit ng mundo [hal., mm] bilang
ang parameter.

--gaussian-filter-fwhm
I-filter ang larawan gamit ang Gaussian kernel. Ang operasyong ito ay tumatagal ng isang tunay na halaga
parameter, na tumutukoy sa buong lapad ng kernel sa kalahating maximum sa mga yunit ng mundo
[hal., mm].

--laplace-filter
I-filter ang larawan gamit ang naka-edge-enhancing na Laplacian kernel.

parilya Mga Operasyon
--downsample-select
Downsample na larawan ayon sa pagpili ng pixel gamit ang per-axis factor na 'Fx,Fy,Fz' o gamit ang single
salik na 'Fxyz'

--downsample-average
Downsample na larawan sa pamamagitan ng pag-average gamit ang per-axis factor na 'Fx,Fy,Fz' o paggamit ng single
salik na 'Fxyz'

--sample
I-resample ang larawan sa mga malapit na isotropic na pixel habang pinapanatili ang field-of-view ng imahe.
Kumuha ng isang argumento, ang target na resolusyon sa mga yunit ng mundo [hal., mm]

--resample-eksakto
I-resample ang imahe sa eksaktong isotropic pixels ng ibinigay na resolution habang tumutugma sa
field-of-view ng larawan nang mas malapit hangga't maaari. Tumatagal ng isang argumento, ang target na resolusyon
sa mga yunit ng mundo [hal., mm]

--crop-by-index
I-crop ang larawan sa isang rehiyon na tinukoy ng isang set ng anim na grid index coordinates na ibinigay bilang
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--crop-by-threshold
I-crop ang larawan sa rehiyon na tinutukoy sa pamamagitan ng ibinigay na threshold. Ang magreresultang imahe ay
naglalaman ng lahat ng mga pixel na mas malaki kaysa sa ibinigay na parameter.

--crop-by-threshold-write-rehiyon
I-crop ang larawan sa rehiyon na tinutukoy sa pamamagitan ng isang ibinigay na threshold at isulat ang crop na rehiyon sa
karaniwang output.

--crop-by-threshold-write-xform
I-crop ang larawan sa rehiyon na tinutukoy sa pamamagitan ng isang ibinigay na threshold at write cropping
pagbabago sa karaniwang output.

MGA AUTHORS

Torsten Rohlfing, na may mga kontribusyon mula kay Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff, at Yaroslav Halchenko

Gumamit ng cmtk-convertx online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net