Ito ang command na gmx-densorder na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
gmx-densorder - Kalkulahin ang mga pagbabago sa ibabaw
SINOPSIS
gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-O [<.out> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-Spect [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[hindi]w] [-[no]1d] [-bw ]
[-bwn ] [-utos ] [-aksis ]
[-paraan ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-nlevel ]
DESCRIPTION
gmx densorder binabawasan ang isang dalawang-phase na pamamahagi ng density kasama ang isang axis, na nakalkula sa isang MD
trajectory, hanggang sa mga 2D na ibabaw na nagbabago-bago sa oras, sa pamamagitan ng akma sa isang functional na profile para sa
mga density ng interface. Ang isang time-average na spatial na representasyon ng mga interface ay maaaring
output na may opsyon -tavg.
Opsyon
Mga opsyon para tukuyin ang mga input file:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Portable xdr run input file
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectory: xtc trr cpt malaki g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Index file
Mga opsyon para tukuyin ang mga output file:
-o [<.dat>] (Density4D.dat) (Opsyonal)
Pangkalahatang file ng data
-O [<.out> [...]] (hello.out) (Opsyonal)
Generic na output file
-og [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (Opsyonal)
X PixMap na katugmang matrix file
-Spect [<.out> [...]] (intfspect.out) (Opsyonal)
Generic na output file
Iba pang mga opsyon:
-b (0)
Unang frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-e (0)
Huling frame (ps) na babasahin mula sa trajectory
-dt (0)
Gumamit lamang ng frame kapag t MOD dt = unang pagkakataon (ps)
-[hindi]w (hindi)
Tingnan ang output .xvg, .xpm, .eps at .pdb file
-[no]1d (hindi)
Pseudo-1d interface geometry
-bw (0.2)
Binwidth ng density distribution tangential sa interface
-bwn (0.05)
Binwidth ng pamamahagi ng density na normal sa interface
-utos (0)
Order ng Gaussian filter, ang order 0 ay katumbas ng NO filtering
-aksis (z)
Direksyon ng Axis - X, Y o Z
-paraan (maghiwa-hiwalay)
Paraan ng lokasyon ng interface: bisect, functional
-d1 (0)
Bulk density phase 1 (sa maliit na z)
-d2 (1000)
Bulk density phase 2 (sa malaking z)
-tblock (100)
Bilang ng mga frame sa isang average na time-block
-nlevel (100)
Bilang ng mga antas ng Taas sa 2D - XPixMaps
Gumamit ng gmx-densorder online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net