velveth_63_long - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

velveth_63_long - simpleng hashing program (MAXKMERLENGTH = 63, LONGSEQUENCES)

DESCRIPTION

velveth - simpleng hashing program Bersyon 1.2.09

Opsyon

-strand_specific
: para sa strand specific transcriptome sequencing data (default: off)

-reuse_Sequences
: muling gamitin ang Sequences file (o link) na nasa direktoryo na (hindi na kailangang magbigay ng orihinal
mga filename sa kasong ito (default: off)

-reuse_binary
: muling gamitin ang binary sequences file (o link) na nasa direktoryo na (hindi na kailangang magbigay
orihinal na mga filename sa kasong ito (default: off)

-noHash
: ihanda lang ang Sequences file, huwag mag-hash read o maghanda ng Roadmaps file
(default: naka-off)

-create_binary
: lumikha ng binary CnyUnifiedSeq file (default: off)

Buod:

- Maikli solong dulo bumabasa ng:
velveth Assem 29 -maikli -mabilisq s_1_sequence.txt

- Paired-end maikli bumabasa (Tandaan sa interleave ipinares nagbabasa):
velveth Assem 31 -maikliPares -fasta interleaved.fna

- Paired-end short reads (gamit ang magkahiwalay na file para sa mga nakapares na reads)

velveth Assem 31 -maikliPares -fasta -hiwalay kaliwa.fa kanan.fa

- Dalawa channel at ilan mahaba bumabasa ng:
velveth Assem 43 -maikli -mabilisq unmapped.fna -mahabang Pares -fasta SangerReads.fasta

- Tatlo mga channel:
velveth Assem 35 -maikliPares -fasta pe_lib1.fasta -maikliPares2 pe_lib2.fasta
-maikli3 se_lib1.fa

output:
directory/Roadmaps directory/Sequences

[Ang parehong mga file ay kinuha sa pamamagitan ng graph, kaya mangyaring iwanan ang mga ito doon]

COPYRIGHT

Copyright 2007, 2008 Daniel Zebino (zerbino@ebi.ac.uk)
Ito ay libreng software; tingnan ang pinagmulan para sa mga kundisyon ng pagkopya. WALANG warranty; hindi
kahit para sa MERCHANTABILITY o FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

Mga setting ng compilation: CATEGORIES = 2 MAXKMERLENGTH = 63 OPENMP LONGSEQUENCES

Paggamit: ./velveth directory hash_length {[-file_format][-read_type][-separate|-interleaved]
filename1 [filename2 ...]} {...} [mga opsyon]

direktoryo
: pangalan ng direktoryo para sa mga output file

hash_length
: Alinman sa isang kakaibang integer (kung kahit na, ito ay mababawasan) <= 63 (kung nasa itaas, ay magiging
nabawasan): O: m,M,s kung saan ang m at M ay mga kakaibang integer (kung hindi, sila ay magiging
binawasan) na may m <M <= 63 (kung nasa itaas, mababawasan)

at ang s ay isang hakbang (even number). Ang Velvet ay magha-hash mula k=m hanggang k=M na may isang hakbang na
s

filename
: path sa sequence file o - para sa karaniwang input

talaksan format na pagpipilian:
-fasta -mabilisq -hilaw -fasta.gz -mabilisq.gz -hilaw.gz -sam -bam -fmtAuto

(Tandaan: -fmtAuto ay makakita ng fasta o fastq, at susubukan ang mga sumusunod na programa para sa
decompression : gunzip, pbunzip2, bunzip2

talaksan kaayusan pagpipilian para ipinares bumabasa (lamang para fasta at mabilisq mga format):
-interleaved
: Naglalaman ang file ng mga nakapares na mga pagbabasa na pinagsama-sama sa isang file (default)

-hiwalay
: Magbasa ng 2 magkahiwalay na file para sa mga ipinares na pagbabasa

Basahin uri na pagpipilian:
-maikli -maikliPares

-maikli2 -maikliPares2

-haba -mahabang Pares

-sanggunian

Gumamit ng velveth_63_long online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net