Ito ang command vina na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
vina - pagdo-dock ng maliliit na molekula laban sa mga protina
DESCRIPTION
input:
--receptor arg
matibay na bahagi ng receptor (PDBQT)
--baluktot arg
nababaluktot na mga side chain, kung mayroon man (PDBQT)
--ligand arg
ligand (PDBQT)
Maghanap puwang (kailangan):
--center_x arg
X coordinate ng sentro
--center_y arg
Y coordinate ng center
--center_z arg
Z coordinate ng sentro
--laki_x arg
laki sa X na dimensyon (Angstroms)
--laki_y arg
laki sa Y dimensyon (Angstroms)
--laki_z arg
laki sa dimensyon ng Z (Angstroms)
Pagbubuhos (opsyonal):
--labas arg
output models (PDBQT), ang default ay pinili batay sa ligand file name
--log arg
opsyonal, magsulat ng log file
Misc (opsyonal):
--cpu arg
ang bilang ng mga CPU na gagamitin (ang default ay ang subukang makita ang bilang ng mga CPU o,
kapag nabigo iyon, gumamit ng 1)
--binhi arg
tahasang random na binhi
--pagkaubos arg (=8) pagkaubos ng pandaigdigang paghahanap (halos
proporsyonal sa oras): 1+
--num_modes arg (=9)
maximum na bilang ng mga binding mode na bubuo
--energy_range arg (=3)
maximum na pagkakaiba sa enerhiya sa pagitan ng pinakamahusay na binding mode at ang pinakamasamang ipinakita
(kcal/mol)
Configuration file (opsyonal):
--config arg
ang mga opsyon sa itaas ay maaaring ilagay dito
Impormasyon (opsyonal):
- Tumulong ipakita ang buod ng paggamit
--help_advanced
ipakita ang buod ng paggamit na may mga advanced na opsyon
--bersyon
ipakita ang bersyon ng programa
Gamitin ang vina online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net