Ito ang Linux app na pinangalanang mitoMaker na tatakbo sa Linux online na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang mitoMaker_1.14.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang mitoMaker para tumakbo sa Linux online gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
mitoMaker na tumakbo sa Linux online
DESCRIPTION
Ang mitoMaker ay isang pipeline script na binuo para pasimplehin ang assembly at awtomatikong annotation ng mitochondrial genome, batay sa mga raw NGS reads at isang opsyonal na target na reference.Ang mitoMaker ay tumatawag ng mga kilalang assembler at algorithm, tulad ng SOAPdenovo, MIRA at blast+ at pina-parse ang kanilang mga resulta na nagbibigay ng madaling mabasang mga output, gaya ng FASTA, GENBANK, SEQUIN, PNG at iba pa.
Pangkalahatang pipeline:
1-iterative De Novo assembly, na may iba't ibang k-mer value, sinusubukang mag-assemble ng build na tumutugma sa isang target na mitochondrial genome na ibinigay.
2-naghahanap para sa lahat ng mga tampok ng mitochondrial gene at circularization.
3-nag-iimbak ng pinakamahusay na resulta na natagpuan.
4-gumagamit ng pinakamahusay na assembly bilang backbone para sa isang reference based na assembly, gamit ang MIRA at MITObim, sinusubukang palawigin ang mitogenome at malapitan ang mga gaps.
5-nag-annotate ng pinakamahusay na pagpupulong, na tinutukoy ang panimula at pagtatapos na posisyon ng bawat isa at bawat tampok.
6-lumilikha ng isang folder na may lahat ng mga resulta (PNG, GENBANK, FASTA, SEQUIN, CAF, MAF at isang stats logfile).
Mga tampok
- Awtomatikong annotation ng mitochondrial genome
- Awtomatikong pagpupulong b ased sa mga hilaw na pagbasa
- Napaka-customize sa pamamagitan ng command line
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Console/Terminal
Wika ng Programming
Sawa
Ito ay isang application na maaari ding makuha mula sa https://sourceforge.net/projects/mitomaker/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
