Ito ang Linux app na pinangalanang EigenMS na tatakbo sa Linux online na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang EigenMS.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang EigenMS para tumakbo sa Linux online gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
Ang EigenMS ay tatakbo sa Linux online
DESCRIPTION:
Ang EigenMS ay isang paraan ng normalisasyon na ipinatupad sa R (at mas lumang bersyon sa Matlab) na available bilang isang set ng dalawang function na dapat gamitin sa isang sequence.Mangyaring i-download ang EigenMS.zip file (pinakabagong bersyon).
Ang pinakabagong bersyon na na-upload noong Oktubre 2017 ay mayroong bugfix para sa pag-normalize ng single treatment group.
Ang rescaling ay tinanggal mula 2015.
Ginagamit ng EigenMS ang SVD para makita ang mga bias na trend sa data at alisin ang mga ito. Ang EigenMS ay nag-aalis ng mga epekto mula sa kilala at hindi kilalang mga salik at maaaring magamit para sa anumang -omic platform.
Ipinakita namin ang utility nito sa LC-MS/MS at metabolomics sa sumusunod na dalawang papel:
1) PMID: 19602524. "Normalization ng peak intensity sa bottom-up MS-based proteomics gamit ang singular value decomposition".
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Bioinformatics 2009
2) "Pag-normalize ng data ng Metabolomics sa EigenMS"
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS One 2014
Audience
Agham/Pananaliksik
Wika ng Programming
MATLAB, S/R
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/eigenms/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.