Ito ang Linux app na pinangalanang MIPGen na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang mipgen_v15.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang MIPGen na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA SCREENSHOT:
MIPGen
DESCRIPTION:
Potensyal na Generator ng Molecular Interaction
Ang MIPGEN ay isang python program na kakalkulahin ang Molecular Interaction Potential grids
sa isang partikular na molekula, maaaring ito ay isang protina o isang maliit na organic compound (droga).
Ang output ay isang serye ng mga grid na may format na DX (*.dx) na magagawa ng user
upang mailarawan gamit ang anumang Molecular visualization program tulad ng VMD, PyMol, Chimera...
Para sa higit pang impormasyon sa mga dependency at paggamit, pakibasa ang Documentation.
Inaanyayahan ang mga user na mag-post ng anumang bug o kahilingan sa ilalim ng menu ng BUGS & REQUESTS. (Kakailanganin ang sourceforge account).
Mga tampok
- Ganap na awtomatikong pagbuo ng MIP na binigyan ng isang simpleng PDB file.
- Open-source code. Inaanyayahan ang mga gumagamit na mag-ambag sa pagpapalawak ng mga probe o pagpapabuti ng code.
- Kalkulahin ang grid based molecular interaction potentials sa mga peptide at iba pang macromolecular system (marahil mabagal pa rin para sa malalaking system)
- Kalkulahin ang MIP sa mga maliliit na molekula
- Nako-customize na mga probe. Naipatupad na: Hydrophobic, H-Bond donor, H-Bond acceptor at electrostatics probe.
- Awtomatikong pagtatalaga ng mga uri ng atom sa maliliit na molekula at protina sa pamamagitan ng interfacing sa opensource na Antechamber at tLeap mula sa AmbertTools package (http://ambermd.org)
Audience
Agham/Pananaliksik, Mga Advanced na End User, Developer, End User/Desktop
Interface ng gumagamit
Console/Terminal
Wika ng Programming
Sawa
Kapaligiran ng Database
SQLite
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/mipgen/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.