Ito ang Linux app na pinangalanang rRNAFinder na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang rRNAFinder-v1.1.1.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang rRNAFinder na may OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
rRNAFinder
DESCRIPTION:
Ang rRNAFinder ay isang maliit na perl software package, na maaaring magamit upang awtomatikong hulaan at pag-uri-uriin ang ribosome RNA genes gamit ang pinagsama-samang genome/metagenome contigs bilang input. Ang software ay sinubukan lamang sa Linux operating system.
Ang "rRNAFinder.pl" program na kasama sa package ay gumagamit ng nhmmer program na naghahanap laban sa mga database ng arc.hmm, bac.hmm, at euk.hmm upang matukoy ang mga rRNA genes mula sa input contigs. Ang predicated rRNA genes ay kinabibilangan ng 16S, 18S, 23S, 28S, 5S, at 5.8S rRNA genes.
Tinatanggap ng programang "rna2taxon.pl" ang nabuong fasta format na rRNA gene sequence sa itaas bilang input para makagawa ng taxonomic assignment para sa input genes. Ang input rRNA gene sequence ay hinanap laban sa na-download at na-reformat na SILVA SSU at LSU na mga database gamit ang blastn.
Mangyaring sumangguni sa README.md file mula sa rRNAFinder GitHub repository na matatagpuan sa https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder para sa mga tagubilin sa pag-configure at pagpapatakbo ng rRNAFinder
Mga tampok
- Hulaan ang mga rRNA genes (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA genes)
- Taxonomic assignment ng hinulaang rRNA genes gamit ang blastn search laban sa SILVA SSU at LSU database
- Mabilis at maaaring gumamit ng maraming mga thread ng CPU
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Command-line
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding makuha mula sa https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.