Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut abacas'tır.
Program:
ADI
abacas - Birleştirilmiş Dizilerin Algoritma Tabanlı Otomatik Contiguation
SİNOPSİS
abakalar -r ref -q qs -p disiplin görevlisi [SEÇENEKLER]
OR
abakalar -r ref -q psf -e
ref tek bir fasta dosyasında referans dizisi
qs çoklu fasta formatında contig
rog Kullanılacak MUMmer programı: 'nucmer' veya 'promer'
psf fasta formatında pseudomolecule/sıralı dizi dosyası
SEÇENEKLER
-h baskı kullanımı
-d varsayılan sayı/promer parametrelerini kullan
-s int tam eşleşen kelimenin minimum uzunluğu (sayı varsayılanı = 12, promer varsayılanı
= 4)
-m sipariş edilen contig'leri multifasta formatında dosyaya yazdır
-b kutudaki contig'leri dosyaya yazdır
-N "N"ler olmadan bir sözde molekül yazdır
-i int minimum yüzde kimlik [varsayılan 40]
-v int minimum bitiş kapsamı [varsayılan 40]
-V int minimum bitişik kapsama farkı [varsayılan 1]
-l int minimum bitiş uzunluğu [varsayılan 1]
-t eşlenmemiş contig'lerde tblastx çalıştırın
-g dize (dosya adı) dosya adına atıfta bulunarak açığa çıkarılmamış bölgeleri (boşlukları) yazdırır
-a psödomoleküle bin'e contig ekleyin
-o önek çıktı dosyalarında bu önek bulunur
-P boşlukları kapatmak için astar setleri seçin
-f int astar tasarımı için bir boşluğun her iki tarafındaki yan taban sayısı (varsayılan
350)
-R int Mummer'ı çalıştır [varsayılan 1, kullan -R Koşmaktan kaçınmak için 0]
-e Contig siparişinden kaçın, yani birincil tasarıma gidin
-c Referans dizisi daireseldir
TANIM
ABACAS, hızlı bir şekilde bitiştirmek (hizalamak, düzenlemek, yönlendirmek), görselleştirmek ve tasarlamak için tasarlanmıştır.
Bir referans dizisine dayalı olarak av tüfeğiyle monte edilmiş kontiglerdeki boşlukları kapatmak için primerler.
ABACAS, hizalama konumlarını bulmak ve birleştirilmiş contig'lerin sentezlerini belirlemek için MUMmer'ı kullanır.
referansa karşı. Çıktı daha sonra bir psödomolekül oluşturmak için işlenir.
örtüşen contig'ler ve boşluklar hesaba katılmalıdır. ABACAS, aşağıdakileri yapabilen bir karşılaştırma dosyası oluşturur:
ACT'de sıralı ve yönlendirilmiş contig'leri görselleştirmek için kullanılabilir. Synteny kırmızı ile temsil edilir
arasındaki özdeşlik yüzdesinin daha düşük değerleriyle renk yoğunluğunun azaldığı çubuklar
karşılaştırılabilir bloklar Oryantasyon, yüzde özdeşlik gibi contig'lere ilişkin bilgiler,
Kapsama ve diğer contig'lerle örtüşme, çıktısı yüklenerek de görselleştirilebilir.
ACT'deki özellik dosyası.
onworks.net hizmetlerini kullanarak abacas'ı çevrimiçi kullanın