autodocktools - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

adt - AutoDockTools, AutoDock için bir grafik ön uç

SİNOPSİS

runAdt [seçenekleri]

TANIM

Bu kılavuz sayfası, tarafından sağlanan çıktının neredeyse birebir çevirisidir. runAdt -h
Komut.

SEÇENEKLER

Seçeneklerin bir özeti aşağıda yer almaktadır. Tam bir açıklama için bkz.
çevrimiçi olarak sunulan öğreticiler ve belgeler.

-H, --yardım et
Seçeneklerin özetini göster.

-a or --Yeniden
lastlog dosyasını oynat

--üzerine yazmaGünlüğü
günlük dosyasının üzerine yaz

--benzersizGünlük
benzersiz bir ada sahip bir günlük dosyası oluşturun

--noLog
günlüğe kaydetmeyi kapat

--noSplash
Açılış Ekranını kapat

--ölmek GUI olay döngüsünü başlatma

--özelleştirici dosya
kullanıcı tarafından belirtilen dosyayı çalıştırın

--lib paket ismi
komut kitaplıkları ekle

-v r, --görüş koşmak
komut satırında görüntü ağlarını çalıştırın

-v o, --görüş bir Zamanlar
görüş ağlarını çalıştırın ve ADT'den çıkın

-d or --dmodu modları
bir görüntüleme modu belirtin
modlar, görüntüleme modunun herhangi bir kombinasyonu olabilir
'cpk': cpk
'çizgiler': çizgiler
'ss' : ikincil yapı şeridi
'sb' : sopalar ve toplar
'lic': meyan kökü
'ms' : moleküler yüzey
'ca' : C-alfa izi
'bt' : omurga izi
'sp' : CA-spline
'sssb' : proteinler, çubuklar ve toplar için ikincil yapı
bağ çizgili diğer artıklar bağsız diğer artıklar için

-c or --cmodu modları
bir görüntüleme modu renk şeması belirtin:
'ca' : atoma göre renk
'cr' : kalıntıya göre renklendirme (RASMOL şeması)
'cc' : zincire göre renk
'cm' : moleküle göre renk
'cdg': David Goodsell'in şemasını kullanan renk
'cs' : Shapely şemasını kullanan renk kalıntıları
'css': ikincil yapı öğesine göre renk

ÖRNEK:

proteini şerit, protein olmayanı çubuk ve top olarak göster ve atom türüne göre renklendir

adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb

adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb

onworks.net hizmetlerini kullanarak autodocktools'u çevrimiçi kullanın