cpgplote - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

cpgplot - Nükleotid dizi(ler)indeki CpG adalarını tanımlayın ve çizin

SİNOPSİS

cpg grafiği -sıra devamı -window tamsayı -minlen tamsayı -minoe şamandıra -minpc şamandıra
-outfile dış dosya -komplo geçiş -graf ksigraf -gözlem boole -cg boole
-pc boole -fırsat başarı

cpg grafiği -Yardım

TANIM

cpg grafiği EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Nükleik:CpG Adaları" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.

SEÇENEKLER

Giriş Bölüm
-sıra devamı

gereklidir Bölüm
-window tamsayı
CG içeriği yüzdesi ve CG'nin Gözlemlenen frekansı, bir
boyutu bu parametre tarafından ayarlanan pencere. Pencere sırayla aşağı hareket ettirilir ve
bu istatistikler, pencerenin taşındığı her konumda hesaplanır. Varsayılan
değer: 100

-minlen tamsayı
Bu, bir CpG adasının rapor edilmeden önce olması gereken minimum uzunluğu belirler.
Varsayılan değer: 200

-minoe şamandıra
Bu, bir kümede gözlemlenen minimum ortalamayı C artı G'nin CpG'ye olan beklenen oranına ayarlar.
Bir CpG adası rapor edilmeden önce gerekli olan 10 pencereden. Varsayılan değer: 0.6

-minpc şamandıra
Bu, G artı C'nin minimum ortalama yüzdesini, bir dizi 10 pencereyi ayarlar.
bir CpG adası rapor edilmeden önce gereklidir. Varsayılan değer: 50.

Çıktı Bölüm
-outfile dış dosya
Bu, girdi dizisi adı CpG raporunu tutan dosyanın adını belirler.
ada parametreleri ve bulunan tüm CpG adalarının çıktı ayrıntıları.

-komplo geçiş
Varsayılan değer: Y

-graf ksigraf

-gözlem boole
Bu doğru olarak ayarlanırsa, C artı G'nin gözlemlenen/beklenen oranının grafiği
Bir pencere içinde CpG görüntülenir. Varsayılan değer: Y

-cg boole
Bu doğru olarak ayarlanırsa, o zaman olduğu belirlenen bölgelerin grafiği
CpG adaları görüntülenir. Varsayılan değer: Y

-pc boole
Bu doğru olarak ayarlanırsa, bir pencere içindeki C artı G yüzdesinin grafiği şu şekildedir:
görüntülenir. Varsayılan değer: Y

-fırsat başarı
Çıktı özellikleri için dosya

onworks.net hizmetlerini kullanarak cpgplote'u çevrimiçi kullanın