Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen fastaq-sequence_trim komutudur.
Program:
ADI
fastaq_sequence_trim - Her dizenin başlangıcından itibaren belirli bir dizeyle tam eşleşmeleri kırpar
dizi
AÇIKLAMA
kullanım: fastaq_sequence_trim [seçenekler]
Bir dizi dizi dosyası çiftinde, tüm dizilerin başlangıcından itibaren dizileri keser.
mükemmel bir eşleşme. Bir okuma çiftini yalnızca çiftin her iki okuması da en az bir değere sahipse tutar.
herhangi bir düzeltmeden sonra minimum uzunluk
konumsal argümanlar:
dosya_1
Kırpılacak ileri fasta/q dosyasının adı
dosya_2
Kesilecek ters fasta/q dosyasının adı
çıkış dosyası_1
Çıkış ileri fasta/q dosyasının adı
çıkış dosyası_2
Çıkış ters fasta/q dosyasının adı
trim_seqs
Her giriş sırasının başlangıcında aranacak sıra dosyasının adı
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
--min_uzunluk INT
Çıkış dizilerinin minimum uzunluğu [50]
--revcomp
Ters tamamlayıcıyla eşleşiyorsa her dizinin sonunu kesin. Bu seçenek
PCR primer düzeltmesi için tasarlanmıştır
Onworks.net hizmetlerini kullanarak fastaq-sequence_trim'i çevrimiçi kullanın