Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-densorder komutudur.
Program:
ADI
gmx-densorder - Yüzey dalgalanmalarını hesapla
SİNOPSİS
gmx yoğunlaştırıcı [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [Ya da [<.çık> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-Spectre [<.çık> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[şimdi] [-[hayır]1 gün] [-bw ]
[-bwn ] [-Emir ] [-eksen ]
[-yöntem ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblok ] [-nseviye ]
TANIM
gmx yoğunlaştırıcı MD üzerinden hesaplanan bir eksen boyunca iki fazlı yoğunluk dağılımını azaltır
yörünge, zaman içinde dalgalanan 2B yüzeylere, işlevsel bir profile uyum sağlayarak
arayüzey yoğunlukları. Arayüzlerin zaman ortalamalı bir uzamsal temsili şu şekilde olabilir:
seçeneği ile çıktı -tavg.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (indeks.ndx)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.dat>] (Yoğunluk4D.dat) (İsteğe bağlı)
Genel veri dosyası
Ya da [<.çık> [...]] (merhaba.çık) (İsteğe bağlı)
Genel çıktı dosyası
-og [<.xpm> [...]] (arayüz.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası
-Spectre [<.çık> [...]] (intfspect.out) (İsteğe bağlı)
Genel çıktı dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-[hayır]1 gün (yok hayır)
Sözde-1d arayüz geometrisi
-bw (0.2)
Arayüze teğet yoğunluk dağılımının binwidth
-bwn (0.05)
Arayüze normal yoğunluk dağılımının genişliği
-Emir (0)
Gauss filtresinin sırası, 0 sırası NO filtrelemesine eşittir
-eksen (Z)
Eksen Yönü - X, Y veya Z
-yöntem (iki bölüm)
Arayüz konumu yöntemi: ikiye bölme, işlevsel
-d1 (0)
Toplu yoğunluk faz 1 (küçük z'de)
-d2 (1000)
Yığın yoğunluk aşaması 2 (büyük z'de)
-tblok (100)
Bir zaman bloğu ortalamasındaki kare sayısı
-nseviye (100)
2B'de Yükseklik düzeylerinin sayısı - XPixMaps
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-densorder çevrimiçi kullanın