Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen kalign komutudur.
Program:
ADI
kalign - biyolojik dizilerin çoklu hizalanmasını gerçekleştirir.
SİNOPSİS
hizalamak [dosya.fasta] [çıkış dosyası.fasta] [Seçenekler]
hizalamak [-ben dosya.fasta] [-Ö çıkış dosyası.fasta] [Seçenekler]
hizalamak [< dosya.fasta] [> çıkış dosyası.fasta] [Seçenekler]
TANIM
Kalin biyolojik dizilerin çoklu hizalanmasını gerçekleştirmek için bir komut satırı aracıdır. Bilişim Teknoloji
hem doğruluğu hem de hızı artırmak için Muth?Manber dize eşleştirme algoritmasını kullanır
hizalama. Küresel, aşamalı hizalama yaklaşımını kullanır ve bir
dizi mesafelerini hesaplamak için yaklaşık dizi eşleştirme algoritması ve dahil ederek
aksi takdirde küresel hizalamaya yerel eşleşmeler.
SEÇENEKLER
-s -gpo -gapopen -gap_open x
Boşluk açma cezası.
-e -gpe -gap_ext -boşluk uzatma x
Boşluk uzatma cezası.
-t -tgpe -terminal_gap_extension_penalty x
Terminal boşluğu cezaları.
-m -bonus -matrix_bonus x
İkame matrisine eklenen bir sabit.
-c -çeşit <giriş, ağaç, boşluklar.>
Çıktı hizalamasında dizilerin göründüğü sıra.
-g -özellik
Özellik modunu seçer ve hangi özelliklerin kullanılacağını belirtir: örneğin tümü, maxplp,
YAPI, PFAM-A?
-same_feature_score
Aynı özellikleri hizalamak için puan.
-diff_feature_score
Farklı özellikleri hizalama cezası.
-d -mesafe <wu, çift>
Mesafe yöntemi
-b -ağacı -rehber-ağaç <nj, upgma>
Kılavuz ağaç yöntemi.
-z -zcutoff
Wu-manber tabanlı mesafe hesaplamasında kullanılan parametre.
-i -içinde -giriş
Giriş dosyasının adı.
-o -dışarı -çıktı
Çıktı dosyasının adı.
-a -gap_inc
Mevcut boşlukların sayısına bağlı olarak boşluk cezalarını artırır.
-f -biçim <fasta, msf, al, bilgi, macsim>
Çıkış formatı.
-q -sessiz
STDERR'ye hiçbir şey yazdırmayın. STDIN'den hiçbir şey okuma.
REFERANSLAR
· Timo Lassmann ve Erik LL Sonnhammer (2005) Kalign - doğru ve hızlı çoklu
sıra hizalama algoritması. BMC Biyoinformatik 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings ve Erik LL Sonnhammer (2009) Kalign2:
izin veren protein ve nükleotid dizilerinin yüksek performanslı çoklu hizalanması
Harici Özellikler. Nükleik Asit Araştırması 3:858?865.
YAZARLAR
Timo Lassman <timolassmann@gmail.com>
Kalign'ın yukarı akış yazarı.
Charles Plessy <plessy@debian.org>
Manpage yazdı.
TELİF HAKKI
Telif Hakkı © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
Kalign ücretsiz bir yazılımdır. Şartlar uyarınca yeniden dağıtabilir ve/veya değiştirebilirsiniz.
Özgür Yazılım Vakfı tarafından yayınlanan GNU Genel Kamu Lisansı.
Bu kılavuz sayfası Charles Plessy tarafından yazılmıştır.plessy@debian.org> Debian(TM) için
sistem (ancak başkaları tarafından kullanılabilir). Kopyalama, dağıtma ve/veya
bu belgeyi kalign ile aynı koşullar altında değiştirin.
Debian sistemlerinde, GNU Genel Kamu Lisansı sürüm 2'nin tam metni şu şekilde olabilir:
içinde bulunan /usr/share/ortak lisanslar/GPL-2.
onworks.net hizmetlerini kullanarak kalign çevrimiçi kullanın