Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut maqview'dir.
Program:
ADI
Maqview - Maq hizalama indeksleyici ve görüntüleyici
SİNOPSİS
makindex -i|-v|-b [-c in.cns] haritada [chr[:başlama[-son]] [...]]
maqview [-c in.cns] haritada
TANIM
Maqview hizalama dosyasına hızlı rastgele erişim sağlayan bir dizi programdır
` tarafından oluşturulanmak map' ve hizalamayı güzel bir GUI ile görüntüler (Grafik Kullanıcı
Arayüz). Hız, bellek ve disk kullanımında oldukça verimlidir. Maqview dayanır
OpenGL ve hem Mac OS X hem de Linux üzerinde çalıştığı bilinmektedir. Prensipte Windows'a taşıma
kolay.
makindex
makindex -i|-v|-b [-c in.cns] haritada [chr[:başlama[-son]] [...]]
-i Hizalama dosyasını indeksle
-v Belirtilen bölgedeki hizalamayı 'maq mapview' formatında yazdırın
-b Belirtilen bölgedeki hizalamayı ikili .map biçiminde boşaltın
-c DOSYA Aynı anda maqview'de görüntülemek için Maq konsensüs dosyasını indeksleyin
Programı makindex bir maq hizalama dosyasını indeksler haritada veya içindeki tüm okumaları hızlı bir şekilde alır
bir veya birden fazla bölge. Biri -i, -v ve -b kullanılmalıdır. İçin -v or -b, en az bir
'chrX', 'chrX:1000' veya 'chrX:1,000-2,000' gibi bir bölge belirtilmelidir. Birden çok bölge
izin verilir.
maqview
maqview [-c in.cns] haritada
-c DOSYA Maq konsensüs dosyası
Programı maqview okuma hizalamasını bir grafik penceresinde görüntüler. Ne zaman in.cns is
belirtildiğinde, en üstteki dizi referanstır, ardından Maq konsensüs dizisi gelir;
aksi takdirde çoğunluk kuralı konsensüsü hesaplanacaktır.
Maqview'in iki görünümü vardır: sıra görünümü ve kutu görünümü. Sıra görünümünde, sıraları okuyun
ekrana yazdırılacaktır. Daha koyu bazlar daha düşük baz niteliklerini ve kırmızı olanları gösterir
varsa, referansa kıyasla farklılıkları gösterin in.cns belirtilir veya
çoğunluk-kural konsensüs değilse. Kutu görünümünde, farklı nükleotid türleri şunlardır:
A için yeşil, C için camgöbeği, G için turuncu, T için kırmızı ve koyu renk kutuları olarak temsil edilir
N için gri. Renklerin doygunluğu, temel nitelikleri ve kalınlık çizgilerini gösterir.
of read okuma hizalamalarının eşleme niteliklerini gösterir. Yakınlaştırma/uzaklaştırma yalnızca desteklenir
kutu görünümünde. Her iki görünümde de pencerenin altındaki durum çubuğu bazı
tuş dokunuşları hakkında bilgi ve fare tarafından işaret edilen adları ve temel nitelikleri okuyun.
Hizalamada gezinme, çeşitli anahtar bağlamaları ile gerçekleştirilir.
· Anahtar bağlamaları:
? Yardımı göster
çıkış
Sıra görünümü
kutu görünümü
p Önceki referans dizisine geçin
n Sonraki referans dizisine geç
r Yenile
ile gösterilen konuma hareket
H / Bir taban sola hareket et
ben / Bir taban sağa hareket et
k / Bir satır yukarı git
J / Bir satır aşağı git
> Sonraki okumaya git
< Önceki okumaya git
G / Geçerli referansın başına git
G / Geçerli referansın sonuna git
sen / Bir sayfa sola git
/ Bir sayfa sağa git
100 baz ile hareket et
1000 baz ile hareket et
+ Yeni bir görünüm ekle
- Mevcut görünümü kaldır
Sağa otomatik kaydırmayı aç/kapat
^b Sola otomatik kaydırmayı aç/kapat
+ Yakınlaştır
- Uzaklaştırmak
0 Varsayılan ölçeğe yakınlaştır
q Eşleme niteliklerini göster/gizle arasında geçiş yap
e Ekran SE/PE eşleştirme niteliklerini değiştir
o Yeni bir hizalama dosyası açın
· Bir tamsayı girin ve ardından gerekli konuma atlamak için.
· Bir tamsayı girin ve ardından başka bir tuşa basın. ile kaydırmayı hızlandırmak için
belirtilen faktör
· Sıra boyunca hareket etmek için karedeki sarı çarpı işaretine sol tıklayın ve sürükleyin. Doğru
bir sütunu vurgulamak için referansı tıklayın.
onworks.net hizmetlerini kullanarak maqview'i çevrimiçi kullanın