Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen WigeoN komutudur.
Program:
ADI
wigeon - Pintail 16S DNA anomali tespit yardımcı programının yeniden uygulanması
TANIM
WigeoN, bir sorgu ile güvenilir bir referans arasındaki dizi korumasını inceler
dizi, her ikisi de NAST hizalama biçiminde. Sorgu arasındaki sıra kimliğine göre
ve referans dizisi, hizalama arasında beklenen bir varyasyon miktarı vardır.
Gözlenen varyasyon, dağılımın %95 kantilinden büyükse
anormal olmayan diziler arasında gözlemlenen varyasyon, daha sonra bir anomali olarak işaretlenir.
WigeoN, Pintail algoritması Appl'nin esnek bir komut satırı tabanlı yeniden uygulamasıdır.
Çevre Mikrobiol. 2005 Aralık;7112:7724-36.
WigeoN, yalnızca tam uzunluktaki 16S rRNA'daki kimeraları ve anormallikleri işaretlemek için kullanışlıdır
diziler. WigeoN, 1000 bp'den düşük dizilerde hassasiyetten yoksundur.
WigeoN'u çalıştırmak için, birinci sınıf yardımcı program tarafından oluşturulan NAST biçimli dizilere ihtiyacınız vardır.
WigeoN, microbiomeutil paketinin bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
gerekli:
--query_NAST
hizalama formatında sorgu dizileri içeren çoklu fasta dosyası
İsteğe bağlı:
--db_NAST
NAST biçiminde db
--db_FASTA
fasta formatında db (megablast formatlı)
--num_top_hits
varsayılan 1: yalnızca en iyi eşleşmeyi kullanır.
--komplo
--HATA AYIKLAMA
--exec_dir
çalıştırmadan önce cd'den exec_dir'e
onworks.net hizmetlerini kullanarak WigeoN'u çevrimiçi kullanın