Bu, en son sürümü EigenMS.zip olarak indirilebilen, çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırılan EigenMS adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
Linux'ta OnWorks ile çevrimiçi olarak çalıştırmak için EigenMS adlı bu uygulamayı ücretsiz olarak indirip çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EigenMS Linux'ta çevrimiçi çalışacak
AÇIKLAMA:
EigenMS, R'de (ve Matlab'daki daha eski sürümde) uygulanan bir normalleştirme yöntemidir ve bir dizide kullanılması gereken iki işlev kümesi olarak mevcuttur.Lütfen EigenMS.zip dosyasını indirin (en son sürüm).
Ekim 2017'de yüklenen en son sürüm, tek tedavi grubu normalleştirmesi için bir hata düzeltmesine sahiptir.
2015'ten itibaren yeniden ölçeklendirme yapılmamıştır.
EigenMS, verilerdeki sapma eğilimlerini tespit etmek ve bunları ortadan kaldırmak için SVD'yi kullanır. EigenMS, bilinen ve bilinmeyen faktörlerin etkilerini ortadan kaldırır ve herhangi bir -omik platform için kullanılabilir.
Aşağıdaki iki makalede LC-MS/MS ve metabolomikte faydasını gösterdik:
1) PMID: 19602524. "Tekil değer ayrıştırması kullanılarak aşağıdan yukarıya MS tabanlı proteomiklerde tepe yoğunluklarının normalleştirilmesi".
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Biyoinformatik 2009
2) "EigenMS ile Metabolomik veri normalizasyonu"
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS Bir 2014
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
MATLAB, S/R
Bu, https://sourceforge.net/projects/eigenms/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.