Bu, en son sürümü rRNAFinder-v1.1.1.zip olarak indirilebilen rRNAFinder adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile rRNAFinder adlı bu uygulamayı ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
rRNAFinder
AÇIKLAMA:
rRNAFinder, girdi olarak birleştirilmiş genom/metagenom contig'lerini kullanarak ribozom RNA genlerini otomatik olarak tahmin etmek ve sınıflandırmak için kullanılabilen küçük bir Perl yazılım paketidir. Yazılım sadece Linux işletim sisteminde test edilmiştir.
Pakete dahil olan "rRNAFinder.pl" programı, girdi contig'lerinden rRNA genlerini tanımlamak için arc.hmm, bac.hmm ve euk.hmm veritabanlarında arama yapan nhmmer programını kullanır. Öngörülen rRNA genleri, 16S, 18S, 23S, 28S, 5S ve 5.8S rRNA genlerini içerir.
"rna2taxon.pl" programı, giriş genleri için taksonomik atamaları üretmek için bir girdi olarak yukarıda oluşturulmuş fasta formatlı rRNA gen dizilerini kabul eder. Girdi rRNA gen dizileri, blastn kullanılarak indirilen ve yeniden formatlanan SILVA SSU ve LSU veritabanlarına karşı aranır.
Lütfen adresinde bulunan rRNAFinder GitHub deposundaki README.md dosyasına bakın. https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder rRNAFinder'ı yapılandırma ve çalıştırma talimatları için
Özellikler
- rRNA genlerini tahmin edin (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA genleri)
- SILVA SSU ve LSU veritabanlarına karşı blastn araması kullanılarak tahmin edilen rRNA genlerinin taksonomik ataması
- Hızlıdır ve birden fazla CPU iş parçacığı kullanabilir
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Komut satırı
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.