Це командні абаки, які можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
abacas - автоматичне продовження зібраних послідовностей на основі алгоритму
СИНТАКСИС
абаки -r посилання -q qs -p прог [ПАРАЦІЇ]
OR
абаки -r посилання -q psf -e
посилання довідкова послідовність в одному файлі fasta
qs contigs у мульти-швидкісному форматі
Rog Програма MUMmer для використання: 'nucmer' або 'promer'
psf файл псевдомолекули/упорядкованої послідовності у форматі fasta
ВАРІАНТИ
-h використання друку
-d використовувати параметри nucmer/promer за замовчуванням
-s int мінімальна довжина точного відповідного слова (nucmer за замовчуванням = 12, promer за замовчуванням
= 4)
-m роздрукувати замовлені контиги у файл у форматі multifasta
-b роздрукувати контиги в bin у файл
-N надрукувати псевдомолекулу без «N».
-i int мінімальний відсоток ідентичності [за замовчуванням 40]
-v int мінімальне покриття contig [за замовчуванням 40]
-V int мінімальна різниця покриття contig [за замовчуванням 1]
-l int мінімальна довжина контигу [за замовчуванням 1]
-t запустіть tblastx на контигах, які не відображені
-g string (ім'я файлу) друкувати непокриті області (пропуски) за посиланням на ім'я файлу
-a додати контиги в bin до псевдомолекули
-o вихідні файли префікса матимуть цей префікс
-P підберіть набори грунтовок, щоб закрити зазори
-f int кількість фланкуючих підстав по обидва боки від зазору для дизайну грунтовки (за замовчуванням
350)
-R int Запустити mummer [за замовчуванням 1, використовувати -R 0, щоб не бігати шаман]
-e Уникнути впорядкування контигів, тобто перейти до дизайну грунтовки
-c Довідкова послідовність є круговою
ОПИС
ABACAS призначений для швидкого зближення (вирівнювання, впорядкування, орієнтації), візуалізації та проектування
праймери для закриття проміжків на контигах, зібраних з дробовика, на основі еталонної послідовності.
ABACAS використовує MUMmer для пошуку позицій вирівнювання та визначення синтеній зібраних контигів
проти довідки. Потім вихідні дані обробляються для отримання псевдомолекул
врахувати перекриття та розриви. ABACAS створює файл порівняння, який може
використовуватися для візуалізації впорядкованих і орієнтованих контиг в ACT. Синтенія представлена червоним кольором
смуги, де інтенсивність кольору зменшується з меншими значеннями відсотка ідентичності між
порівнянні блоки. Інформація про контиги, такі як орієнтація, відсоток ідентичності,
охоплення та перекриття з іншими контигами також можна візуалізувати, завантаживши виведені
файл функцій на ACT.
Використовуйте абаки онлайн за допомогою служб onworks.net