Це команда ClonalFrame, яку можна запустити в безкоштовному хостинг-провайдері OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
ClonalFrame – висновок про бактеріальну мікроеволюцію за допомогою даних мультилокусної послідовності
СИНТАКСИС
ClonalFrame [ПАРАМЕТРИ] вхідний файл вихідний файл
ОПИС
ClonalFrame ідентифікує клонові зв’язки між членами вибірки
також оцінка хромосомного положення подій гомологічної рекомбінації, які мають
порушується клонова спадковість.
варіанти:
-x NUM Встановлює кількість ітерацій після запису (за замовчуванням 50000)
-y NUM Встановлює кількість ітерацій запису (за замовчуванням 50000)
-z NUM Встановлює кількість ітерацій між зразками (за замовчуванням 100)
-e NUM Встановлює кількість ходів зміни гілок за ітерацію (за замовчуванням половина
час йде на заміну гілок)
-m NUM Встановлює початкове значення тета на NUM (за замовчуванням це оцінка Уоттерсона)
-d NUM Встановлює початкове значення дельти на NUM (за замовчуванням 0.001)
-n NUM Встановлює початкове значення nu на NUM (за замовчуванням 0.01)
-r NUM Встановлює початкове значення R на NUM (за замовчуванням початкове тета/10)
-M Оновіть значення тета
-D Не оновлюйте значення дельта
-N Не оновлюйте значення nu
-R Не оновлюйте значення R
-T Не оновлюйте топологію
-A Не оновлюйте вік вузлів
-G Видалити всі зазори
-H Видаліть усі прогалини в неполіморфних позиціях
-t NUM Укажіть, яке початкове дерево використовувати: 0 для нульового дерева, 1 для однорідно вибраного
коалесцентне дерево та 2 для дерева UPGMA (за замовчуванням)
-w Фото
Використовуйте файл Newick для початкового дерева
-a NUM Встановлює перший параметр попереднього бета-розподілу nu
-b NUM Встановлює другий параметр попереднього бета-розподілу nu
-U Використовуйте однакові пріоритети для ро, тета та дельта
-B Запуск в режимі BURST
-C Запуск у режимі UPGMA із процедурою завантаження сайтів
-c Запуск у режимі UPGMA із процедурою завантаження фрагментів за фрагментами
-S NUM Встановлює значення NUM для генератора випадкових чисел
-E NUM Встановлює швидкість експоненціального зростання (за замовчуванням 0)
-I Ігнорує перший блок у вирівнюванні
-L Очистіть вирівнювання перед запуском ClonalFrame
-l Мінімальна відстань між двома контрольними точками (за замовчуванням 50)
-v Докладний режим
Використовуйте ClonalFrame онлайн за допомогою сервісів onworks.net