Це команда edialigne, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
edialign – локальне множинне вирівнювання послідовностей
СИНТАКСИС
edialign -послідовності seqset -нукмоду список -revcomp boolean [-перекриття вибір]
[- зв'язок список] [-maxfragl ціле] - фрагмент boolean -фрагмент ціле
[- його оцінка boolean] [-поріг плавати] -маска boolean -достарс boolean
-старнум ціле - вихідний файл вихідний файл -outseq seqoutall
edialign -допомога
ОПИС
edialign — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Це частина команд (груп) "Вирівнювання: кілька".
ВАРІАНТИ
вхід розділ
-послідовності seqset
Додатковий розділ
-нукмоду список
Режим вирівнювання послідовності нуклеїнових кислот (простий, перекладений або змішаний) Значення за замовчуванням: n
-revcomp boolean
Значення за замовчуванням: N
-перекриття вибір
За замовчуванням ваги перекриття використовуються, коли Nseq =<35, але ви можете встановити для цього значення "так" або
'no' Значення за замовчуванням: за замовчуванням (коли Nseq =< 35)
- зв'язок список
Метод кластеризації для побудови дерева послідовності (UPGMA, мінімальне або максимальне зв’язування
зв'язок) Значення за замовчуванням: UPGMA
-maxfragl ціле
Значення за замовчуванням: 40
- фрагмент boolean
Значення за замовчуванням: N
-фрагмент ціле
Значення за замовчуванням: 4
- його оцінка boolean
Значення за замовчуванням: N
-поріг плавати
Значення за замовчуванням: 0.0
Вихід розділ
-маска boolean
Значення за замовчуванням: N
-достарс boolean
Значення за замовчуванням: N
-старнум ціле
Значення за замовчуванням: 4
- вихідний файл вихідний файл
-outseq seqoutall
Використовуйте edialigne онлайн за допомогою служб onworks.net