gmod_load_cvterms.plp - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

load_cvterms.pl - порівнює нові терміни у файлі порівняно з базою даних і
вставляє їх

СИНТАКСИС

Використання: perl load_cvterms.pl -H dbhost -D dbname [-vdntuFo] файл

параметри

-g Ім'я профілю бази даних GMOD (може надати хост, ім'я БД, пароль, ім'я користувача та
драйвер) за замовчуванням: "за замовчуванням"

-s ім'я бази даних для зв'язування (повинно бути в таблиці db, наприклад GO)

-n контрольована назва словника (наприклад, 'біологічний_процес'). необов'язковий. Якщо не дано,
будуть оброблені терміни всіх просторів імен, пов’язаних з іменем бази даних.

-F Формат файлу. Може бути obo або go_flat та інші, які підтримуються Bio::OntologyIO.
За замовчуванням: obo

-u оновити всі умови. Без -u терміни в базі даних не будуть оновлюватися до
вміст файлу, з точки зору визначень тощо. Нові терміни все одно будуть
доданий.

-v докладний вихід

-o вихідний файл для запису помилок і докладних повідомлень (необов'язково)

-t пробний режим. Не виконуйте жодних операцій магазину взагалі. (пробний режим не може перевірити
вставлення пов’язаних даних для нових термінів)

Якщо не використовується профіль GMOD, потрібні наступні параметри

-H ім'я хоста для бази даних [потрібно, якщо -p не використовується]

-D ім'я бази даних [потрібно, якщо -p не використовується]

-p пароль (якщо вам потрібно вказати пароль для підключення до вашої БД)

-r ім'я користувача (якщо вам потрібно вказати ім'я користувача для підключення до вашої бази даних)

-d ім'я драйвера (наприклад, 'Pg' для postgres). Ім’я драйвера можна вказати в gmod_config

Сценарій аналізує онтологію у файлі та відповідну онтологію в базі даних,
якщо присутній. Він порівнює нові терміни у файлі порівняно з базою даних і
вставляє їх, порівнює всі нові зв’язки та вставляє їх. Це видаляє
відносини, які не були вказані у файлі з бази даних. Він ніколи не видаляє
запис терміну з бази даних.

Цей скрипт працює зі схемою Chado (див. gmod.org) і отримує доступ до наступних таблиць:

db
dbxref
cv
cvterm
cvterm_relationship
cvtermсинонім
cvterm_dbxref
cvtermprop

Терміни, які є в базі даних, але не у файлі, мають значення is_obsolete=1. Всі
терміни, які присутні в базі даних, оновлюються (якщо використовується параметр -u), щоб відображати
визначення термінів, які є у файлі. Нові терміни, які є у файлі, але не в
бази даних зберігаються. З кожним терміном вставки/оновлення пов’язані такі дані:

Назва терміну
Визначення терміну
Відносини з іншими термінами
Синоніми
Вторинні ідентифікатори
Визначення dbxrefs
Коментарі

Використовуйте gmod_load_cvterms.plp онлайн за допомогою служб onworks.net