Це команда gmx-densorder, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-densorder - Розрахувати поверхневі флуктуації
СИНТАКСИС
gmx densorder [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-Або [<.out> [...]]] [-ог [<.xpm> [...]]]
[-Спект [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ні]ж] [-[ні]1d] [-чб ]
[-bwn ] [-порядок ] [-вісь ]
[-метод ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-nрівень ]
ОПИС
gmx щільний сорт зменшує двофазний розподіл щільності вздовж осі, обчислений за MD
траєкторії, до двовимірних поверхонь, що коливаються в часі, за підгонкою до функціонального профілю для
міжфазні щільності. Усереднене за часом просторове представлення інтерфейсів може бути
вихід з опцією -тавг.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Вхідний файл для запуску портативного xdr
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Індексний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.dat>] (Density4D.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних
-Або [<.out> [...]] (привіт.) (Необов'язково)
Загальний вихідний файл
-ог [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (Необов'язково)
X PixMap-сумісний матричний файл
-Спект [<.out> [...]] (intfspect.out) (Необов'язково)
Загальний вихідний файл
Інші варіанти:
-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії
-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії
-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)
-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли
-[ні]1d (немає)
Псевдо-1d геометрія інтерфейсу
-чб (0.2)
Двоширина розподілу щільності по дотичній до межі розділу
-bwn (0.05)
Двоширина розподілу щільності по нормі до межі розділу
-порядок (0)
Порядок фільтра Гаусса, порядок 0 дорівнює фільтрації NO
-вісь (Z)
Напрямок осі - X, Y або Z
-метод (розрізати навпіл)
Метод розташування інтерфейсу: навпіл, функціональний
-d1 (0)
Насипна щільність фази 1 (при малих z)
-d2 (1000)
Насипна щільність фази 2 (при великих z)
-tblock (100)
Середня кількість кадрів за один часовий блок
-nрівень (100)
Кількість рівнів висоти в 2D - XPixMaps
Використовуйте gmx-densorder онлайн за допомогою служб onworks.net