Це команда gmx-trjorder, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-trjorder - Упорядкувати молекули відповідно до їх відстані до групи
СИНТАКСИС
gmx trjoorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-xvg ] [створений ]
[-in ] [-[ні]ком] [-r ] [-[ні]з]
ОПИС
gmx trjoorder впорядковує молекули відповідно до найменшої відстані до атомів у еталоні
групі або по z-координаті (з опцією -z). При дистанційному замовленні він запитує a
група еталонних атомів і група молекул. Для кожного кадру траєкторії
вибрані молекули будуть переупорядковані відповідно до найкоротшої відстані між атомами
номер -in в молекулі та всіх атомах контрольної групи. Центр мас
молекули можна використовувати замість еталонного атома шляхом установки -in до 0. Усі атоми в
траєкторія записується у вихідну траєкторію.
gmx trjoorder може бути корисним, наприклад, для аналізу n вод, найближчих до білка. У цьому
У цьому випадку референтною групою буде білок, а група молекул буде складатися з
всі атоми води. Коли складена індексна група з перших n вод, упорядкована
траєкторію можна використовувати з будь-якою програмою GROMACS для аналізу n найближчих вод.
Якщо вихідним файлом є a .pdb файл, відстань до контрольної цілі буде збережено в
поле B-фактора для фарбування, наприклад, Rasmol.
З опцією -nshell кількість молекул в радіусі оболонки -r навколо
референтну групу друкують.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-o [<.xtc/.trr/...>] (замовлено.xtc) (Необов'язково)
Траєкторія: xtc трр гро g96 pdb тнг
-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr
Інші варіанти:
-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії
-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії
-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)
-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає
створений (3)
Кількість атомів в молекулі
-in (1)
Атом, який використовується для обчислення відстані, 0 є COM
-[ні]ком (немає)
Використовуйте відстань до центру мас контрольної групи
-r (0)
Відрізання, що використовується для обчислення відстані під час обчислення кількості молекул
оболонка навколо, наприклад, білка
-[ні]з (немає)
Упорядкувати молекули по z-координаті
Використовуйте gmx-trjorder онлайн за допомогою служб onworks.net