Це команда hmm2emit, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
hmm2emit - генерувати послідовності з профілю HMM
СИНТАКСИС
hmm2emit [параметри] hmmфайл
ОПИС
hmm2emit читає файл HMM з hmmфайл містить один або кілька HMM, і генерує a
кількість послідовностей з кожного HMM; або, якщо -c вибрано варіант, згенерувати одиночний
консенсус правління більшості. Це може бути корисно для різних додатків, у яких потрібно a
моделювання послідовностей, що відповідають консенсусу сімейства послідовностей.
За замовчуванням hmm2emit генерує 10 послідовностей і виводить їх у форматі FASTA (невирівняний).
ВАРІАНТИ
-a Запишіть згенеровані послідовності у вирівняному форматі (SELEX), а не FASTA.
-c Спрогнозувати єдину послідовність консенсусу з правилом більшості замість послідовностей вибірки
з розподілу ймовірностей HMM. Висококонсервовані залишки (p >= 0.9 фор
ДНК, p >= 0.5 для білка) показано у верхньому регістрі; інші показані в нижньому регістрі.
Деякі штати вставки можуть стати частиною консенсусу правил більшості, оскільки вони є такими
використовується в >= 50% створених послідовностей; коли це відбувається, залишки, що утворюються вставками
просто відображаються як "x".
-h Роздрукувати коротку довідку; включає номер версії та зведення всіх параметрів, в т.ч
експертні варіанти.
-n Генерувати послідовності. За замовчуванням 10.
-o Збережіть синтетичні послідовності у файл а не записувати їх у стандартний вивід.
-q Спокійно; придушити весь вихід, крім самих послідовностей. Корисно для трубопроводів
або направляючи вихід.
ЕКСПЕРТ ВАРІАНТИ
--насіння
Встановіть випадкове початкове значення , де – ціле додатне число. За замовчуванням використовується
час () генерувати різне насіння для кожного запуску, що означає, що два різні
пробіги hmm2emit на одному і тому ж HMM дасть дещо інші результати. Ви можете використовувати
цей параметр для отримання відтворюваних результатів.
Використовуйте hmm2emit онлайн за допомогою служб onworks.net